Četru nukleīnskābju amplifikācijas testu veikšana, lai identificētu SARS-CoV-2 Etiopijā

Paldies, ka apmeklējāt vietni Nature.com. Jūs izmantojat pārlūkprogrammas versiju ar ierobežotu CSS atbalstu. Lai nodrošinātu vislabāko pieredzi, ieteicams izmantot atjauninātu pārlūkprogrammu (vai atspējot saderības režīmu pārlūkprogrammā Internet Explorer). Turklāt, lai nodrošinātu pastāvīgu atbalstu, mēs rādām vietni bez stiliem un JavaScript.
Vienlaicīgi parāda trīs slaidu karuseli. Izmantojiet pogas Iepriekšējais un Nākamais, lai pārvietotos pa trim slaidiem vienlaikus, vai izmantojiet slīdņa pogas, kas atrodas beigās, lai pārvietotos pa trim slaidiem vienlaikus.
Kopš 2019. gada koronavīrusa slimības (COVID-19) uzliesmojuma visā pasaulē ir izstrādāti daudzi komerciāli nukleīnskābju amplifikācijas testi (NAAT), un tie ir kļuvuši par standarta pārbaudēm. Lai gan vairāki testi tika ātri izstrādāti un piemēroti laboratorijas diagnostikas testiem, šo testu veiktspēja nav novērtēta dažādos apstākļos. Tāpēc šī pētījuma mērķis bija novērtēt Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI un Sansure Biotech testu veiktspēju, izmantojot Composite Reference Standard (CRS). Pētījums tika veikts Etiopijas Sabiedrības veselības institūtā (EPHI) no 2020. gada 1. līdz 30. decembrim. Izmantojot QIAamp RNA mini komplektu un Abbott DNS paraugu sagatavošanas sistēmu, tika iegūti 164 nazofaringeālie paraugi. No 164 paraugiem 59,1% bija pozitīvi un 40,9% bija negatīvi attiecībā uz DRS. Sansure Biotech pozitivitāte bija ievērojami zema salīdzinājumā ar CRS (p < 0,05). Sansure Biotech pozitivitāte bija ievērojami zema salīdzinājumā ar CRS (p < 0,05). Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению с CRS (p < 0,05). Sansure Biotech pozitīvie rezultāti bija ievērojami zemāki salīdzinājumā ar CRS (p < 0,05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）.与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）. У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Sansure Biotech bija ievērojami mazāk pozitīvu rezultātu salīdzinājumā ar CRS (p < 0,05).Četru analīžu kopējā vienošanās bija 96,3–100%, salīdzinot ar DRS. Papildus Sansure Biotech testa zemajam pozitivitātes līmenim četru testu veiktspēja bija gandrīz salīdzināma. Tādējādi Sansure Biotech [Tikai pētniecībai (RUO)] pārbaudei ir nepieciešama papildu apstiprināšana, lai to izmantotu Etiopijā. Visbeidzot, jāapsver papildu pētījumi, lai novērtētu testus ar atbilstošiem ražotāja apgalvojumiem.
Laboratorijas testēšana ir daļa no Pasaules Veselības organizācijas (PVO) 2019. gada koronavīrusa slimības (COVID-19) sagatavotības un reaģēšanas (SPRP) stratēģiskā plāna. PVO iesaka valstīm palielināt laboratoriju kapacitāti, lai uzlabotu sagatavotību, pareizu lietu pārvaldību, modrību un ātru reakciju uz sabiedrības veselības problēmām. Tas liecina, ka laboratorijas loma ir galvenā, lai raksturotu jauno infekcijas izraisītāju slimību un epidemioloģiju un kontrolētu to izplatību.
COVID-19 diagnozei nepieciešama epidemioloģiskā un medicīniskā informācija, personīgie simptomi/pazīmes, kā arī radiogrāfiskie un laboratorijas dati2. Kopš tika ziņots par COVID-19 uzliesmojumu Uhaņā, Ķīnā, visā pasaulē ir izstrādāti daudzi komerciāli nukleīnskābju amplifikācijas testi (NAAT). Reāllaika reversās transkripcijas polimerāzes ķēdes reakcija (rRT-PCR) ir izmantota kā parasta un standarta metode smagas akūtas respiratorā sindroma 2 (SARS-CoV-2)3 infekcijas laboratoriskai diagnostikai. SARS-CoV-2 molekulārā noteikšana parasti balstās uz N (nukleokapsīda proteīna gēns), E (aploksnes proteīna gēns) un RdRp (RNS atkarīgais RNS polimerāzes gēns) gēniem ORF1a/b (atvērtais nolasīšanas rāmis 1a/b). . gēns) reģions, kas identificēts no vīrusa genoma. Tie tiek uzskatīti par galvenajiem konservētajiem reģioniem, kas atrodami vīrusu genomos vīrusu atpazīšanai4. Starp šiem gēniem RdRp un E gēniem ir augsta analītiskā noteikšanas jutība, savukārt N gēnam ir zema analītiskā jutība5.
PCR analīžu veiktspēja var atšķirties atkarībā no dažādiem faktoriem, piemēram: ekstrakcijas reaģentiem, amplifikācijas/noteikšanas reaģentiem, ekstrakcijas metodes, PCR iekārtas kvalitātes un citiem instrumentiem. Uz 2020. gada aprīli vairāk nekā 48 dažādas diagnostikas ierīces no deviņām valstīm ir saņēmušas ārkārtas lietošanas atļauju (EUA) COVID-196 diagnostikai. Etiopijā SARS-CoV-2 PCR noteikšanai tiek izmantotas vairāk nekā 14 reāllaika PCR platformas 26 sabiedrības veselības iestādēs, tostarp ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 un Quant-studio7. Turklāt ir pieejami dažādi PCR testu komplekti, piemēram, Daan Gene tests, Abbott SARS-CoV-2 tests, Sansure Biotech tests un SARS-CoV-2 BGI tests. Lai gan rRT-PCR ir ļoti jutīgs, daži pacienti ar COVID-19 ziņo par kļūdaini negatīviem rezultātiem, jo ​​paraugos ir nepietiekamas vīrusa ribonukleīnskābes (RNS) kopijas nepareizas savākšanas, transportēšanas, uzglabāšanas un apstrādes, kā arī laboratorijas testu dēļ. personāla apstākļi un rīcība8. Turklāt nepareiza parauga vai kontroles apstrāde, cikla sliekšņa (Ct) iestatīšana un krusteniskā reakcija ar citām patogēnām nukleīnskābēm vai neaktīvu/atlikušu SARS-CoV-2 RNS var izraisīt kļūdaini pozitīvus rezultātus rRT-PCR9 testos. Tādējādi ir skaidrs, ka PCR testi patiešām var identificēt gēnu fragmentu nesējus, jo tie pat nevar atšķirt patiesi aktīvus vīrusu gēnus, tāpēc testi var identificēt tikai nesējus, nevis pacientus10. Tāpēc ir svarīgi novērtēt diagnostikas veiktspēju, izmantojot standarta metodes mūsu vidē. Lai gan daudzi NAAT reaģenti ir pieejami Etiopijas Sabiedrības veselības institūtā (EPHI) un visā valstī, vēl nav ziņots par to efektivitātes salīdzinošu novērtējumu. Tāpēc šī pētījuma mērķis bija novērtēt komerciāli pieejamo komplektu salīdzinošo veiktspēju SARS-CoV-2 noteikšanai ar rRT-PCR, izmantojot klīniskos paraugus.
Kopumā šajā pētījumā tika iekļauti 164 dalībnieki ar aizdomām par Covid-19. Lielākā daļa paraugu bija no ārstniecības centriem (118/164 = 72%), bet pārējie 46 (28%) dalībnieki bija no ārstniecības centriem. Centrā neārstēto dalībnieku vidū 15 (9,1%) bija klīniski aizdomas par saslimšanas gadījumiem un 31 (18,9%) bija kontakti ar apstiprinātiem gadījumiem. Deviņdesmit trīs (56,7%) dalībnieki bija vīrieši, un dalībnieku vidējais (± SD) vecums bija 31,10 (± 11,82) gadi.
Šajā pētījumā četriem Covid-19 testiem tika noteikti pozitīvi un negatīvi rādītāji. Tādējādi Abbott SARS-CoV-2 testa, Daan Gene 2019-nCoV testa, SARS-CoV-2 BGI testa un Sansure Biotech 2019-nCoV testa pozitīvie rādītāji bija attiecīgi 59,1%, 58,5%, 57,9% un 55,5%. . Pozitīvie un negatīvie saliktā atsauces standarta (CRS) rādītāji bija attiecīgi 97 (59,1%) un 67 (40,9%) (1. tabula). Šajā pētījumā DRS definīcijas pamatā bija “jebkura pozitīva” noteikums, saskaņā ar kuru no četriem testa rezultātiem divi vai vairāki testa rezultāti, kas deva tādu pašu rezultātu, tika uzskatīti par patiesi pozitīviem vai negatīviem.
Šajā pētījumā mēs atklājām negatīvu procentuālo vienošanos (NPA) 100% (95% TI 94,6–100) visām analīzēm salīdzinājumā ar DRS. Sansure Biotechnology analīze uzrādīja minimālo PPA 93,8% (95% TI 87,2–97,1), un Daan Gene 2019-nCoV analīze kopumā sakrita ar 99,4% (95% TI 96,6–99,9). Turpretim kopējā vienošanās starp SARS-CoV-2 BGI testu un Sansure Biotech 2019-nCoV testu bija attiecīgi 98,8% un 96,3% (2. tabula).
Koena kappa sakritības koeficients starp CRS un Abbott SARS-CoV-2 testa rezultātiem bija pilnībā konsekvents (K = 1,00). Tāpat Koena kappa vērtības, ko atklāja Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI un Sansure Biotech 2019-nCoV, arī pilnībā atbilst CRS (K ≥ 0,925). Šajā salīdzinošajā analīzē hī kvadrāta tests (McNemar tests) parādīja, ka Sansure Biotech 2019-nCoV testa rezultāti būtiski atšķiras no CRS rezultātiem (p = 0,031) (2. tabula).
Kā parādīts attēlā.1 Abbott SARS-CoV-2 testa (kombinēts RdRp un N gēns) zemākās Ct vērtības procentuālais daudzums (< 20 Ct) bija 87,6%, un ORF1a/b gēna Ct vērtība Sansure Biotech 2019-nCoV testā parādīja, ka Ct vērtība (< 20 Ct) bija 50,3%, bet augstā Ct vērtība (36–40 Ct) bija 3,2%. 1 Abbott SARS-CoV-2 testa (kombinēts RdRp un N gēns) zemākās Ct vērtības procentuālais daudzums (< 20 Ct) bija 87,6%, un ORF1a/b gēna Ct vērtība Sansure Biotech 2019-nCoV testā parādīja, ka Ct vērtība (< 20 Ct) bija 50,3%, bet augstā Ct vērtība (36–40 Ct) bija 3,2%.Kā parādīts attēlā.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) составил 87,6%, еанизначе ORF1a/b анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20 Ct) составлял 50,3%, а высое6–40t составляло 3,2%. 1, Abbott SARS-CoV-2 (kombinētais gēns RdRp un N) zemākās Ct vērtības (< 20 Ct) analīzes procentuālais daudzums bija 87,6%, un Sansure Biotech 2019-nCoV ORF1a/b gēna analīzes Ct vērtība parādīja. ka zemas Ct vērtības procentuālais daudzums (< 20 Ct) veidoja 50,3%, bet augstas vērtības Ct (36–40 Ct) veidoja 3,2%.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 20，，8，s.tech.s. 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50,3%，高Ct 值Ct(36)的百分比为3,2%. Kā parādīts 1. attēlā, Abbott SARS-CoV-2 testa (RdRp un N gēna kombinācija) zemākā Ct vērtības procentuālā daļa (< 20 Ct) ir 87,6%, Sansure Biotech 2019-nCoV testa ORF1a/b gēna Ct vērtība. uzrāda zemu Ct值(< 20 Ct) 的 procents ir 50,3%, 高Ct值(36–40 Ct) 的 procents ir 3,2%. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое процентное низкое процентное процентное 20знаt размере 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019- Анализ nCoV показал низкий Ct. Kā parādīts 1. attēlā, Abbott SARS-CoV-2 testā (apvienojot RdRp un N gēnus) bija zemākā procentuālā Ct vērtība (< 20 Ct) - 87,6%, savukārt ORF1a/b gēna Ct vērtība Sansure. Biotech 2019 pētījums — nCoV analīze parādīja zemu Ct. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3%, а процент высоких значений Ct (36–40 Ct) составил 3,2%. Vērtību procentuālais daudzums (< 20 Ct) bija 50,3%, bet augsto Ct vērtību (36–40 Ct) procentuālais daudzums bija 3,2%.Abbott SARS-CoV-2 B tests reģistrēja Ct vērtības virs 30. No otras puses, BGI SARS-CoV-2 testā ORF1a/b gēnam bija augsta Ct vērtība (> 36 Ct) procentuālā daļa bija 4% (1. attēls). No otras puses, BGI SARS-CoV-2 testā ORF1a/b gēnam bija augsta Ct vērtība (> 36 Ct) procentuālā daļa bija 4% (1. attēls). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент которого составлял.41% (). Savukārt BGI SARS-CoV-2 analīzē gēnam ORF1a/b bija augsta Ct vērtība (> 36 Ct), kuras procentuālais daudzums bija 4% (1. att.).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比为在傆比为 No otras puses, BGI SARS-CoV-2 noteikšanā ORF1a/b gēna procentuālais daudzums ar augstu Ct vērtību (>36 Ct) ir 4% (1. attēls). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b с высокими значениями Ct (>36 Ct) составил 4% (рис. No otras puses, BGI SARS-CoV-2 analīzē ORF1a/b gēnu procentuālais daudzums ar augstām Ct vērtībām (>36 Ct) bija 4% (1. attēls).
Šajā pētījumā mēs paņēmām 164 nazofaringijas paraugus. Visu veidu pārbaudēm RNS izolēšana un amplifikācija tika veikta, izmantojot attiecīgo ražotāju ieteiktās metodes un komplektus.
Šis pētījums parādīja, ka Abbott testam SARS-CoV-2 noteikšanai ir tāda pati noteikšanas veiktspēja kā CRS ar 100% pozitīvu, negatīvu un vispārējo atbilstību. Koena kappa līgums ir 1,00, kas norāda uz pilnīgu vienošanos ar DRS. Līdzīgs pētījums, ko veica Vašingtonas universitāte ASV, atklāja, ka Abbott testa SARS-CoV-2 vispārējā jutība un specifiskums bija attiecīgi 93% un 100%, salīdzinot ar CDC laboratorijā noteikto testu (LDA). . 11. Abbott SARS-CoV-2 noteikšanas sistēma ir balstīta uz vienlaicīgu kombinētu N un RdRp gēnu noteikšanu, jo abi gēni ir jutīgāki, līdz minimumam samazinot viltus negatīvus12. Pētījums Vīnē, Austrijā, arī parādīja, ka lieli ekstrakcijas paraugu un noteikšanas eluenta tilpumi samazina atšķaidīšanas efektu un palielināja noteikšanas efektivitāti13. Tādējādi Abbott ideālo atbilstību SARS-CoV-2 testam var saistīt ar platformas noteikšanas sistēmu, kas vienlaikus nosaka kombinatoriskos gēnus, ekstrahē lielu skaitu paraugu (0,5 ml) un izmanto lielu daudzumu eluenta (40 µl).
Mūsu rezultāti arī parādīja, ka Daan ģenētiskā testa noteikšanas veiktspēja bija gandrīz tāda pati kā CRS. Tas atbilst pētījumam14, kas veikts Anhui universitātē Huainaņā, Ķīnā, un ražotāja apgalvojumam par 100% pozitīvu piekrišanu. Neskatoties uz ziņojumiem par konsekventiem rezultātiem, viens paraugs pēc tā paša eluāta atkārtotas pārbaudes bija kļūdaini negatīvs, bet pozitīvs Abbott SARS-CoV-2 un Sansure Biotech nCoV-2019 testos. Tas liecina, ka dažādu veidu pārbaudēs rezultāti var atšķirties. Tomēr Ķīnā veiktajā pētījumā15 Daan Gene testa rezultāts bija ievērojami atšķirīgs (p < 0,05) salīdzinājumā ar laboratorijā noteikto atsauces testu. Tomēr Ķīnā veiktajā pētījumā15 Daan Gene testa rezultāts bija ievērojami atšķirīgs (p < 0,05) salīdzinājumā ar laboratorijā noteikto atsauces testu. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p < 0,05) эталонного анализа. Tomēr pētījumā Ķīnā15 Daan Gene analīzes rezultāts būtiski atšķīrās (p < 0,05) no viņu laboratorijas atsauces analīzes.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p < 0,05).然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0,05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значительно отличались (05p) его эталонным labboratornыm тестом. Tomēr pētījumā Ķīnā15 Daana ģenētiskā testa rezultāti ievērojami atšķīrās (p < 0,05), salīdzinot ar tā references laboratorijas testu.Šī neatbilstība var būt saistīta ar atsauces testa jutīgumu SARS-CoV-2 noteikšanai, un turpmākie pētījumi var būt svarīgi, lai noteiktu cēloni.
Turklāt mūsu pētījumā tika novērtēta SARS-CoV-2 BGI testa salīdzinošā veiktspēja ar CRS, uzrādot izcilu pozitīvu procentuālo saskaņu (PPA = 97,9%), negatīvu procentuālo vienošanos (NPA = 100%) un kopējo procentuālo vienošanos pēc dzimuma ( OPA). ). = 98,8%). Koena Kapa vērtības uzrādīja labu sakritību (K = 0,975). Pētījumi Nīderlandē16 un Ķīnā15 ir uzrādījuši konsekventus rezultātus. SARS-CoV-2 BGI tests ir viena gēna (ORF1a/b) noteikšanas tests, izmantojot 10 µl amplifikācijas/noteikšanas eluāta. Neskatoties uz labo statistisko atbilstību mūsu atsauces rezultātiem, analīzē netika iegūti divi pozitīvi paraugi (1, 22%) no kopējā parauga. Tam var būt milzīga klīniska ietekme uz transmisijas dinamiku gan pacienta, gan kopienas līmenī.
Vēl viena šajā pētījumā iekļautā salīdzinošā analīze bija Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO) tests; kopējais spēļu procents bija 96,3%. Vienošanās stiprumu noteica arī Koena Kapa vērtība, kas bija 0,925, kas liecina par pilnīgu vienošanos ar DRS. Atkal, mūsu rezultāti ir identiski pētījumiem, kas veikti Centrālajā Dienvidu universitātē Čangšā, Ķīnā un Liuzhou Tautas slimnīcas Klīniskās laboratorijas nodaļā Liudžou pilsētā, Ķīnā17. Lai gan tika reģistrēta iepriekš minētā labā statistiskā atbilstība, hī kvadrāta tests (MacNemar tests) parādīja, ka Sansure Biotech testa rezultātam ir statistiski nozīmīga atšķirība salīdzinājumā ar CRS (p < 0,005). Lai gan tika reģistrēta iepriekš minētā labā statistiskā atbilstība, hī kvadrāta tests (MacNemar tests) parādīja, ka Sansure Biotech testa rezultātam ir statistiski nozīmīga atšķirība salīdzinājumā ar CRS (p < 0,005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-крийтрийкрий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие по сравнению < с0,00p5. Lai gan tika reģistrēta iepriekš minētā labā statistiskā vienošanās, hī kvadrāta tests (McNemar tests) parādīja, ka Sansure Biotech testa rezultātam bija statistiski nozīmīga atšķirība salīdzinājumā ar CRS (p < 0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）表明，RS Sansure Biotech.相比具有统计学显着差异（p < 0,005）.尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表明 ， 表明 ， biotech （与 CRs 相比 具有 显着 （(p <0,005。。。。。。。。。。。。。。。。））。。。（（（（（ Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемаза) статистически значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech un CRS. Neskatoties uz iepriekš minēto labo statistisko vienošanos, hī kvadrāta tests (McNemar tests) uzrādīja statistiski nozīmīgu atšķirību (p < 0,005) starp Sansure Biotech testu un CRS.Tika konstatēts, ka seši paraugi (3,66%) bija viltus negatīvi, salīdzinot ar DRS (1. papildu tabula); tas ir ļoti svarīgi, jo īpaši ņemot vērā vīrusa pārnešanas dinamiku. Iepriekš minētie dati arī atbalsta šo zemo noteikšanas ātrumu15.
Šajā pētījumā Ct vērtības tika noteiktas katram testam un attiecīgajai platformai ar zemāko vidējo Ct vērtību, kas tika ziņots Abbott SARS-CoV-2 testā. Šis rezultāts var būt saistīts ar Abbott vienlaicīgo kombinēto ģenētiskās testēšanas sistēmu SARS-CoV-2 noteikšanai. Tāpēc saskaņā ar 1. attēlu 87,6% Abbott SARS-CoV-2 rezultātu Ct vērtības bija zem 20. Tikai neliels skaits paraugu rezultātu (12,4%) bija diapazonā no 20 līdz 30. Ct vērtības virs 30 netika reģistrētas. Papildus tam, ka Abbott izmanto SARS-CoV-2 paneļa ģenētiskās testēšanas formātu, šis rezultāts var būt saistīts ar zemāko noteikšanas robežu (32,5 RNS kopijas/ml)18, kas ir trīs reizes zemāka par uzņēmuma noteikto apakšējo robežu 100 RNS kopijām. /mL. ml)19.
Šim pētījumam ir daži ierobežojumi: pirmkārt, mums nav standarta/atsauces metožu [piemēram, vīrusu slodze vai citi laboratorijas testi (LDA)] resursu trūkuma dēļ. Otrkārt, visi šajā pētījumā izmantotie paraugi bija nazofaringijas uztriepes, savukārt rezultāti nebija piemērojami citiem paraugu veidiem, un, treškārt, mūsu izlases lielums bija mazs.
Šajā pētījumā tika salīdzināta četru rRT-PCR testu veiktspēja SARS-CoV-2 noteikšanai, izmantojot nazofaringeālus paraugus. Visām noteikšanas pārbaudēm bija gandrīz salīdzināma veiktspēja, izņemot Sansure Biotech testu. Turklāt, salīdzinot ar CRS, Sansure Biotech testā tika konstatēts zems pozitivitātes līmenis (p < 0,05). Turklāt, salīdzinot ar CRS, Sansure Biotech testā tika konstatēts zems pozitivitātes līmenis (p < 0,05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Turklāt Sansure Biotech tests uzrādīja zemu pozitīvu rezultātu procentuālo daļu salīdzinājumā ar CRS (p < 0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (p < 0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (p < 0,05). Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Turklāt Sansure Biotech testam bija zemāks pozitivitātes līmenis salīdzinājumā ar CRS (p < 0,05).Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) PPA, NPA un kopējās vienošanās analīze pārsniedza 93,5% ar Koena Kapa līguma vērtību 0,925. Visbeidzot, Sansure Biotech Assay (RUO) ir nepieciešama turpmāka apstiprināšana lietošanai Etiopijā, un jāapsver papildu pētījumi, lai novērtētu atsevišķu ražotāju apgalvojumus.
Salīdzinošais pētījums tika veikts četrās veselības aprūpes iestādēs Adisabebā, Eka Kotebe slimnīcā, Tūkstošgades baznīcas ārstēšanas centrā, Zewooditu memoriālajā slimnīcā un Sv. Pētera tuberkulozes specializētajā slimnīcā. Dati tika apkopoti laikā no 2020. gada 1. decembra līdz 31. decembrim. Medicīnas iestādes šim pētījumam tika mērķtiecīgi izvēlētas, ņemot vērā to lielo gadījumu skaitu un lielāko ārstniecības centru pieejamību pilsētā. Līdzīgi instrumenti, tostarp ABI 7500 un Abbott m2000 reāllaika PCR instrumenti, tika atlasīti saskaņā ar NAAT reaģentu ražotāju ieteikumiem, un šim pētījumam tika atlasīti četri PCR noteikšanas komplekti, jo lielākā daļa Etiopijas laboratoriju izmantoja vismaz vismaz četri no tiem. Gēnu tests, Abbott SARS-CoV-2 tests, Sansure Biotech tests un SARS-CoV-2 BGI tests, kas veikts pētījuma laikā).
SARS-CoV-2 testēšana tika veikta no 2020. gada 1. līdz 30. decembrim, izmantojot 3 ml vīrusu transportēšanas barotnes (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Ķīna) no personām, kuras tika izmeklētas saistībā ar COVID-19, un kuras tika nosūtītas EPHI. Nazofarneksa paraugus savāca apmācīti paraugu savācēji un nosūtīja uz EPHI trīskāršos iepakojumos. Pirms nukleīnskābes izolācijas katram paraugam tiek piešķirts unikāls identifikācijas numurs. Ekstrakcija tiek veikta no katra parauga uzreiz pēc ierašanās, izmantojot manuālās un automātiskās ekstrakcijas metodes. Tādējādi automātiskai Abbott m2000 ekstrakcijai no katra parauga tika ekstrahēti 1,3 ml (ieskaitot 0,8 ml mirušo tilpumu un 0,5 ml ekstrakcijas ieplūdes tilpumu) parauga un izvadīti caur Abbott DNS paraugu sagatavošanas sistēmu (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, ASV). ) 96 [92 paraugu, divas noteikšanas kontroles un divas neveidnes kontroles (NTC)] partija tika iekļauta divu SARS-CoV-2 (EUA) kārtu kopējā procesā (izguve un noteikšana) reāllaikā. ieguve. Līdzīgi manuālai ekstrakcijai izmantojiet tos pašus paraugus (automātiskai ekstrakcijai un atklāšanai). Tādējādi visā procesā 140 µl paraugi tika alikvoti un ekstrahēti, izmantojot QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hildena, Vācija) 24 partijās (ieskaitot 20 paraugus, divas testa kontroles un divus NTC) deviņās kārtās. Manuāli ekstrahētie eluāti tika pastiprināti un noteikti, izmantojot ABI 7500 termisko cikleru, izmantojot SARS-CoV-2 BGI testu, Daan Gene testu un Sansure Biotech testu.
SARS-CoV-2 vīrusa RNS automatizēta izolēšana un attīrīšana notiek pēc magnētisko lodīšu principa, izmantojot Abbott DNS paraugu sagatavošanas reaģentus. Paraugu inaktivācija un vīrusu daļiņu izšķīdināšana tiek veikta, izmantojot mazgāšanas līdzekli, kas satur guanidīna izotiocianātu, lai denaturētu proteīnu un inaktivētu RNāzi. Pēc tam RNS tiek atdalīta no proteīna ar cietās fāzes atdalīšanu, izmantojot silīcija dioksīdu, ti, guanidīnija sāls un līzes bufera sārmains pH veicina nukleīnskābju saistīšanos ar silīcija dioksīdu (SiO2). Skalošanas posms noņem atlikušos proteīnus un gružus, lai iegūtu dzidru šķīdumu. Caurspīdīgo RNS izolē no mikrodaļiņām uz silīcija dioksīda bāzes, izmantojot instrumenta magnētisko lauku20,21. No otras puses, RNS manuāla izolēšana un attīrīšana tiek veikta ar spin kolonnas metodi, izmantojot centrifugēšanu magnētiskā statīva vietā un mikrodaļiņu atdalīšanu no eluenta.
Abbott Real-Time SARS-CoV-2 noteikšanas tests (Abbott Molecular, Inc.) tika veikts saskaņā ar ražotāja norādījumiem, kas saņēma EUA19,22 no PVO un FDA. Šajā protokolā parauga inaktivācija pirms ekstrakcijas tika veikta ūdens vannā 56 ° C temperatūrā 30 minūtes. Pēc vīrusa inaktivācijas nukleīnskābju ekstrakcija tika veikta ar Abbott m2000 SP instrumentu no 0, 5 ml VTM, izmantojot Abbott m2000 DNS paraugu sagatavošanas sistēmu. saskaņā ar ražotāja teikto. Pastiprināšana un noteikšana tika veikta, izmantojot Abbott m2000 RT-PCR instrumentu, un RdRp un N gēniem tika veikta dubultā noteikšana. ROX) un VIC P (patentēta krāsviela) iekšējo kontroles mērķēšanai un noteikšanai, ļaujot vienlaikus noteikt abus pastiprināšanas produktus 19 .
Šī komplekta amplifikācijas noteikšanas metode ir balstīta uz vienpakāpes RT-PCR tehnoloģiju. ORF1a / b un N gēni tika atlasīti kā konservēti reģioni ar Daan Gene Technology, lai noteiktu mērķa reģiona amplifikāciju. Ir izstrādāti specifiski praimeri un fluorescējošās zondes (N gēnu zondes, kas marķētas ar FAM, ORF1a/b zondes, kas marķētas ar VIC), lai paraugos noteiktu SARS-CoV-2 RNS. Galīgo eluentu un galvenos maisījumus sagatavoja, pievienojot 5 µl eluenta 20 µl galvenā maisījuma līdz galīgajam tilpumam 25 µl. Pastiprināšana un noteikšana tika veikta vienlaikus ar ABI 750024 reāllaika PCR instrumentu.
ORF1a/b un N gēni tika atklāti, izmantojot Sansure Biotech nCoV-2019 nukleīnskābes diagnostikas komplektu (fluorescējošā PCR noteikšana). Sagatavojiet specifiskas zondes katram mērķa gēnam, atlasot FAM kanālu ORF1a/b reģionam un ROX kanālu N gēnam. Šim testa komplektam eluentu un galveno maisījuma reaģentus pievieno šādi: sagatavo 30 µl galvenā maisījuma reaģenta un 20 µl eluētā parauga noteikšanai/amplifikācijai. Pastiprināšanai/noteikšanai tika izmantots reāllaika PCR ABI 750025.
SARS-CoV-2 BGI tests ir fluorescējošs reāllaika rRT-PCR komplekts COVID-19 diagnostikai. Mērķa reģions atrodas SARS-CoV-2 genoma ORF1a/b reģionā, kas ir viena gēna noteikšanas metode. Turklāt cilvēka mājturības gēns β-aktīns ir iekšēji regulēts mērķa gēns. Pamatmaisījumu sagatavo, iedobes plāksnē sajaucot 20 µl galvenā maisījuma reaģenta un 10 µl ekstrahētā RNS parauga26. Pastiprināšanai un noteikšanai tika izmantots ABI 7500 fluorescējošs kvantitatīvs reālā laika PCR instruments. Visa nukleīnskābju amplifikācija, PCR darbības nosacījumi katram testam un rezultātu interpretācija tika veikta saskaņā ar attiecīgā ražotāja norādījumiem (3. tabula).
Šajā salīdzinošajā analīzē mēs neizmantojām atsauces standarta metodi, lai noteiktu procentuālo saskaņu (pozitīvo, negatīvo un kopējo) un citus salīdzināšanas parametrus četrām analīzēm. Katrs testa salīdzinājums tika veikts ar DRS, šajā pētījumā DRS tika noteikts pēc likuma “jebkurš pozitīvs” un rezultāts tika noteikts, nevis ar vienu testu, mēs izmantojām vismaz divus saskaņotus testa rezultātus. Turklāt COVID-19 pārnešanas gadījumā viltus negatīvi rezultāti ir bīstamāki nekā viltus pozitīvi rezultāti. Tāpēc, lai pēc CRS rezultāta pēc iespējas precīzāk pateiktu “pozitīvs”, vismaz diviem testa testiem ir jābūt pozitīviem, kas nozīmē, ka vismaz viens pozitīvs rezultāts, visticamāk, tiks iegūts no EUA testa. Tādējādi no četriem testa rezultātiem divi vai vairāki testa rezultāti, kas dod vienādu rezultātu, tiek uzskatīti par patiesi pozitīviem vai negatīviem18,27.
Dati tika vākti, izmantojot strukturētas datu ieguves formas, datu ievade un analīze veikta, izmantojot Excel statistikas programmatūru un SPSS versiju 23.0 aprakstošai statistikai. Tika analizēta pozitīvā, negatīvā un vispārējā procentuālā vienošanās, un tika izmantots Kappa rādītājs, lai noteiktu katras metodes sakritības pakāpi ar DRS. Kapa vērtības tiek interpretētas šādi: no 0,01 līdz 0,20 par vieglu vienošanos, no 0,21 līdz 0,40 par vispārīgu vienošanos, no 0,41 līdz 0,60 par mērenu vienošanos, no 0,61 līdz 0,80 par galveno vienošanos un no 0,81 līdz 0,99 par pilnīgu vienošanos28.
Ētiskā atļauja tika iegūta no Adisabebas universitātes, un visus šī pētījuma eksperimentālos protokolus apstiprināja Etiopijas Sabiedrības veselības institūta Zinātniskās ētikas pārskata padome. EPHI ētikas licences atsauces numurs ir EPHI/IRB-279-2020. Visas metodes tika izmantotas saskaņā ar ieteikumiem un noteikumiem Etiopijas nacionālajās visaptverošajās vadlīnijās COVID-19 ārstēšanai. Turklāt pirms dalības pētījumā tika iegūta rakstiska informēta piekrišana no visiem pētījuma dalībniekiem.
Visi šajā pētījumā iegūtie vai analizētie dati ir iekļauti šajā publicētajā rakstā. Dati, kas apstiprina šī pētījuma rezultātus, ir pieejami no attiecīgā autora pēc pamatota pieprasījuma.
Pasaules Veselības organizācija. Ieteikumi Covid-19 laboratoriskās testēšanas stratēģijām: pagaidu vadlīnijas, 2020. gada 21. marts, Nr. WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (PVO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 viedā diagnostika Neatliekamās palīdzības nodaļā: viss praksē. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 viedā diagnostika Neatliekamās palīdzības nodaļā: viss praksē.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. un Gurgulianis, KI Inteliģenta COVID-19 diagnostika neatliekamās palīdzības nodaļā: viss praksē.Muliou DS, Pantazopoulos I. un Gurgulyanis KI Inteliģenta COVID-19 diagnostika neatliekamās palīdzības nodaļās: pilnīga integrācija praksē. Eksperts Reverend Respire. medicīna. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. COVID19 ID NOW EUA testa novērtējums. Mitchell, SL & St George, K. COVID19 ID NOW EUA testa novērtējums.Mitchell, SL un St. George, K. COVID19 ID NOW EUA testa novērtējums.Mitchell SL un St. George K. COVID19 ID NOW EUA testa novērtējums. J. Klīniskā. Vīruss. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
PVO. Koronavīrusa slimības 2019 (COVID-19) laboratoriskā noteikšana aizdomās par cilvēku slimību. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (aplūkots 2020. gada 15. augustā) (PVO, 2020).
Udugama, B. et al. COVID-19 diagnostika: slimības un testēšanas rīki. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Austrumāfrikas, Centrālāfrikas un Dienvidāfrikas Patologu koledžas – Tuvo Austrumu un Dienvidāfrikas reģionālās patoloģijas skolas – izveide. Āfrika. J. Lab. medicīna. 9(1), 1-8 (2020).
Etiopijas Sabiedrības veselības institūts, Federālā veselības ministrija. Valsts pagaidu stratēģija un vadlīnijas COVID-19 laboratoriskai diagnostikai. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (skatīts 2020. gada 12. augustā) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Kļūdaini negatīvi testi SARS-CoV-2 infekcijas izaicinājumiem un sekām. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Kļūdaini negatīvi testi SARS-CoV-2 infekcijas izaicinājumiem un sekām.Voloshin S., Patel N. un Kesselheim AS Viltus negatīvi testi SARS-CoV-2 infekcijām un to sekām.Voloshin S., Patel N. un Kesselheim AS Viltus negatīvi testi provokācijām un SARS-CoV-2 infekcijas ietekmei. N. eng. J. Medicīna. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Viltus pozitīvi un viltus negatīvi COVID-19 gadījumi: elpošanas ceļu profilakses un pārvaldības stratēģijas, vakcinācija un turpmākās perspektīvas. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Viltus pozitīvi un viltus negatīvi COVID-19 gadījumi: elpošanas ceļu profilakses un pārvaldības stratēģijas, vakcinācija un turpmākās perspektīvas. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположительные и ложноотрицательные случаи COVID-19: респираторная профилактечегистра,лятечика истра вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Viltus pozitīvi un viltus negatīvi COVID-19 gadījumi: elpošanas ceļu profilakses un ārstēšanas stratēģijas, vakcinācija un turpmākā rīcība.Muliu, DS un Gurgulianis, KI Kļūdaini pozitīvi un viltus negatīvi COVID-19 gadījumi: elpošanas ceļu profilakses un ārstēšanas stratēģijas, vakcinācija un turpmākā rīcība. Eksperts Reverend Respire. medicīna. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19 diagnoze neatliekamās palīdzības nodaļā: redzēt koku, bet pazaudēt mežu. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19 diagnoze neatliekamās palīdzības nodaļā: redzēt koku, bet pazaudēt mežu.Mouliou, DS, Ioannis, P. un Konstantinos, G. Covid-19 diagnoze Neatliekamās palīdzības nodaļā: redzēt koku, pazaudēt mežu.Muliou DS, Ioannis P. un Konstantinos G. Covid-19 diagnostika neatliekamās palīdzības telpās: kokiem nepietiek meža. Parādās. medicīna. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Abbott RealTime SARS-CoV-2 testa analītiskās un klīniskās veiktspējas apstiprināšana un apstiprināšana. J. Klīniskā. Vīruss. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Salīdziniet piecus primeru komplektus no dažāda COVID-19 genoma reģiona, lai noteiktu vīrusa infekciju, izmantojot parasto RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Piecu primer komplektu salīdzinājums no dažādiem COVID-19 genoma reģioniem vīrusa infekcijas noteikšanai ar parasto RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. un Aflatunyan, B. Piecu primeru komplektu salīdzinājums no dažādiem COVID-19 genoma reģioniem vīrusu infekcijas noteikšanai ar parasto RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 5 dažādu COVID-19 ģenētisko reģionu salīdzinājums vīrusu infekcijas noteikšanai ar parasto RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. un Aflatunyan B. Piecu primeru komplektu salīdzinājums no dažādiem COVID-19 genoma reģioniem vīrusu infekcijas noteikšanai, izmantojot parasto RT-PCR.Irāna. J. Mikrobioloģija. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Nacionālās ārējās kvalitātes novērtēšanas programmas SARS-CoV-2 genoma sekvenču noteikšanai provizoriskie rezultāti. J. Klīniskā. Vīruss. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Piecu RT-PCR komplektu efektivitātes analītiskais novērtējums smaga akūta respiratorā sindroma koronavīrusam 2. J. Clinical. laboratorija. tūpļa. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. et al. Septiņu komerciāli pieejamu SARS-CoV-2 RNS noteikšanas komplektu novērtējums Ķīnā, pamatojoties uz reāllaika polimerāzes ķēdes reakciju (PCR). klīniski. Ķīmiskā. laboratorija. medicīna. 58(9), e149–e153 (2020).
van Kasterens, PB et al. Septiņu komerciālo RT-PCR COVID-19 diagnostikas komplektu salīdzinājums. J. Klīniskā. Vīruss. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu u.c. Divu PCR komplektu diagnostikas veiktspējas salīdzinājums SARS-CoV-2 nukleīnskābju noteikšanai. J. Klīniskā. laboratorija. tūpļa. 34(10), e23554 (2020).
Lefarts, PR utt. Salīdzinošs pētījums par četrām SARS-CoV-2 nukleīnskābju amplifikācijas testēšanas (NAAT) platformām parādīja, ka ID NOW veiktspēja ir ievērojami pasliktinājusies atkarībā no pacienta un parauga veida. diagnoze. mikrobioloģija. Inficēt. diss. 99(1), 115200 (2021).
Abbott molekula. Abbott reāllaika SARS-CoV-2 analīzes pakotnes ieliktnis. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (Sākot ar 2020. gada 10. augustu) (2020).
Kleins, S. et al. SARS-CoV-2 RNS izolācija, izmantojot magnētiskās lodītes ātrai liela mēroga noteikšanai ar RT-qPCR un RT-LAMP. Virus 12(8), 863 (2020).