Četru nukleīnskābju amplifikācijas testu veikšana SARS-CoV-2 identificēšanai Etiopijā

Paldies, ka apmeklējāt vietni Nature.com. Jūs izmantojat pārlūkprogrammas versiju ar ierobežotu CSS atbalstu. Lai nodrošinātu vislabāko pieredzi, iesakām izmantot atjauninātu pārlūkprogrammu (vai atspējot saderības režīmu pārlūkprogrammā Internet Explorer). Turklāt, lai nodrošinātu nepārtrauktu atbalstu, vietne tiek rādīta bez stiliem un JavaScript.
Vienlaikus parāda trīs slaidu karuseli. Izmantojiet pogas Iepriekšējais un Nākamais, lai vienlaikus pārvietotos starp trim slaidiem, vai arī izmantojiet slīdņa pogas galā, lai vienlaikus pārvietotos starp trim slaidiem.
Kopš 2019. gada koronavīrusa slimības (COVID-19) uzliesmojuma visā pasaulē ir izstrādāti daudzi komerciāli nukleīnskābju amplifikācijas testi (NAAT), kas ir kļuvuši par standarta testiem. Lai gan vairāki testi tika ātri izstrādāti un pielietoti laboratorijas diagnostikas testos, šo testu veiktspēja nav novērtēta dažādos apstākļos. Tāpēc šī pētījuma mērķis bija novērtēt Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI un Sansure Biotech testu veiktspēju, izmantojot salikto references standartu (CRS). Pētījums tika veikts Etiopijas Sabiedrības veselības institūtā (EPHI) no 2020. gada 1. līdz 30. decembrim. Izmantojot QIAamp RNA mini komplektu un Abbott DNS paraugu sagatavošanas sistēmu, tika iegūti 164 nazofaringālie paraugi. No 164 paraugiem 59,1 % bija pozitīvi un 40,9 % bija negatīvi attiecībā uz CRS. Sansure Biotech pozitivitātes līmenis bija ievērojami zems, salīdzinot ar CRS (p < 0,05). Sansure Biotech pozitivitātes līmenis bija ievērojami zems, salīdzinot ar CRS (p < 0,05). Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению с CRS (p < 0,05). Sansure Biotech pozitīvie rezultāti bija ievērojami zemāki salīdzinājumā ar CRS (p < 0,05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）.与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）. У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Sansure Biotech bija ievērojami mazāk pozitīvu rezultātu salīdzinājumā ar CRS (p < 0,05).Četru analīžu kopējā atbilstība bija 96,3–100%, salīdzinot ar CRS. Papildus Sansure Biotech testa zemajam pozitivitātes līmenim, četru testu veiktspēja bija gandrīz salīdzināma. Tādēļ Sansure Biotech [tikai pētniecībai (RUO)] testam ir nepieciešama papildu validācija tā lietošanai Etiopijā. Visbeidzot, jāapsver papildu pētījumi, lai novērtētu testus ar atbilstošiem ražotāja apgalvojumiem.
Laboratorijas testēšana ir daļa no Pasaules Veselības organizācijas (PVO) stratēģiskā plāna koronavīrusa slimības 2019. gada (COVID-19) sagatavotībai un reaģēšanai (SPRP). PVO iesaka valstīm veidot laboratoriju kapacitāti, lai uzlabotu sagatavotību, pienācīgu gadījumu pārvaldību, modrību un ātru reaģēšanu uz sabiedrības veselības problēmām. Tas liecina, ka laboratorijas loma ir galvenā slimības raksturošanā un jauno infekcijas izraisītāju epidemioloģijā, kā arī to izplatības kontrolē.
COVID-19 diagnozei nepieciešama epidemioloģiskā un medicīniskā informācija, personiskie simptomi/pazīmes, kā arī radiogrāfiskie un laboratoriskie dati2. Kopš COVID-19 uzliesmojuma ziņošanas Uhaņā, Ķīnā, visā pasaulē ir izstrādāti daudzi komerciāli nukleīnskābju amplifikācijas testi (NAAT). Reālā laika reversās transkripcijas polimerāzes ķēdes reakcija (rRT-PCR) ir izmantota kā rutīnas un standarta metode smaga akūta respiratorā sindroma 2 (SARS-CoV-2)3 infekcijas laboratoriskai diagnostikai. SARS-CoV-2 molekulārā noteikšana parasti balstās uz N (nukleokapsīda proteīna gēns), E (apvalka proteīna gēns) un RdRp (RNS atkarīgais RNS polimerāzes gēns) gēniem ORF1a/b (atvērtais lasīšanas rāmis 1a/b gēns) reģionā, kas identificēti no vīrusa genoma. Tie tiek uzskatīti par galvenajiem konservētajiem reģioniem, kas atrodami vīrusu genomos vīrusu atpazīšanai4. Starp šiem gēniem RdRp un E gēniem ir augsta analītiskā noteikšanas jutība, savukārt N gēnam ir zema analītiskā jutība5.
PCR testu veiktspēja var atšķirties atkarībā no dažādiem faktoriem, piemēram: ekstrakcijas reaģentiem, amplifikācijas/noteikšanas reaģentiem, ekstrakcijas metodes, PCR iekārtas kvalitātes un citiem instrumentiem. Kopš 2020. gada aprīļa vairāk nekā 48 dažādas diagnostikas ierīces no deviņām valstīm ir saņēmušas ārkārtas lietošanas atļauju (EUA) COVID-196 diagnostikai. Etiopijā 26 valsts veselības iestādēs SARS-CoV-2 PCR noteikšanai tiek izmantotas vairāk nekā 14 reāllaika PCR platformas, tostarp ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 un Quant-studio7. Turklāt ir pieejami dažādi PCR testa komplekti, piemēram, Daan Gene tests, Abbott SARS-CoV-2 tests, Sansure Biotech tests un SARS-CoV-2 BGI tests. Lai gan rRT-PCR ir ļoti jutīga, daži pacienti ar COVID-19 ziņo par viltus negatīviem rezultātiem nepietiekama vīrusu ribonukleīnskābes (RNS) kopiju skaita dēļ paraugos nepareizas savākšanas, transportēšanas, uzglabāšanas un apstrādes, kā arī laboratorijas testēšanas apstākļu un personāla rīcības dēļ8. Turklāt parauga vai kontroles nepareiza apstrāde, cikla sliekšņa (Ct) iestatīšana un krusteniskā reaktivitāte ar citām patogēnām nukleīnskābēm vai neaktīvu/atlikušu SARS-CoV-2 RNS var izraisīt kļūdaini pozitīvus rezultātus rRT-PCR9 testos. Tādējādi ir skaidrs, ka PCR testi patiešām var identificēt gēnu fragmentu nesējus, jo tie pat nevar atšķirt patiesi aktīvus vīrusu gēnus, tāpēc testi var identificēt tikai nesējus, nevis pacientus10. Tāpēc ir svarīgi novērtēt diagnostisko veiktspēju, izmantojot standarta metodes mūsu vidē. Lai gan daudzi NAAT reaģenti ir pieejami Etiopijas Sabiedrības veselības institūtā (EPHI) un visā valstī, vēl nav ziņots par to efektivitātes salīdzinošu novērtējumu. Tāpēc šī pētījuma mērķis bija novērtēt komerciāli pieejamo komplektu salīdzinošo veiktspēju SARS-CoV-2 noteikšanai ar rRT-PCR, izmantojot klīniskos paraugus.
Šajā pētījumā tika iekļauti kopumā 164 dalībnieki ar aizdomām par COVID-19. Lielākā daļa paraugu bija no ārstniecības centriem (118/164 = 72%), bet atlikušie 46 (28%) dalībnieki bija no centriem, kas nesaņem ārstēšanu. No dalībniekiem, kuri neārstējās centrā, 15 (9,1%) bija klīniski aizdomas par saslimšanu, un 31 (18,9%) bija kontaktpersonas ar apstiprinātiem saslimšanas gadījumiem. Deviņdesmit trīs (56,7%) dalībnieki bija vīrieši, un dalībnieku vidējais (± SD) vecums bija 31,10 (± 11,82) gadi.
Šajā pētījumā tika noteikts četru COVID-19 testu pozitīvo un negatīvo rezultātu īpatsvars. Tādējādi Abbott SARS-CoV-2 testa, Daan Gene 2019-nCoV testa, SARS-CoV-2 BGI testa un Sansure Biotech 2019-nCoV testa pozitīvo rezultātu īpatsvars bija attiecīgi 59,1%, 58,5%, 57,9% un 55,5%. Pozitīvo un negatīvo saliktā references standarta (CRS) rādītāji bija attiecīgi 97 (59,1%) un 67 (40,9%) (1. tabula). Šajā pētījumā CRS definīcija balstījās uz "jebkura pozitīva" noteikumu, saskaņā ar kuru no četriem testa rezultātiem divi vai vairāki testa rezultāti, kas deva vienādu rezultātu, tika uzskatīti par patiesi pozitīviem vai negatīviem.
Šajā pētījumā visām analīzēm, salīdzinot ar CRS, mēs konstatējām negatīvu procentuālo atbilstību (NPA) 100% (95% TI 94,6–100). Sansure Biotechnology analīze uzrādīja minimālu PPA 93,8% (95% TI 87,2–97,1), un Daan Gene 2019-nCoV analīzes kopējā atbilstība bija 99,4% (95% TI 96,6–99,9). Turpretī kopējā atbilstība starp SARS-CoV-2 BGI testu un Sansure Biotech 2019-nCoV testu bija attiecīgi 98,8% un 96,3% (2. tabula).
Koena kapa atbilstības koeficients starp CRS un Abbott SARS-CoV-2 testu rezultātiem bija pilnībā konsekvents (K = 1,00). Līdzīgi arī Koena kapa vērtības, kas noteiktas ar Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI un Sansure Biotech 2019-nCoV, pilnībā atbilst CRS (K ≥ 0,925). Šajā salīdzinošajā analīzē hi kvadrāta tests (McNemar tests) parādīja, ka Sansure Biotech 2019-nCoV testa rezultāti būtiski atšķīrās no CRS rezultātiem (p = 0,031) (2. tabula).
Kā parādīts attēlā.1 Abbott SARS-CoV-2 testā (apvienots RdRp un N gēns) zemākās Ct vērtības (< 20 Ct) procentuālā daļa bija 87,6%, un Sansure Biotech 2019-nCoV testā ORF1a/b gēna Ct vērtība parādīja, ka zemas Ct vērtības (< 20 Ct) procentuālā daļa bija 50,3% un augstas Ct vērtības (36–40 Ct) bija 3,2%. 1 Abbott SARS-CoV-2 testā (apvienots RdRp un N gēns) zemākās Ct vērtības (< 20 Ct) procentuālā daļa bija 87,6%, un Sansure Biotech 2019-nCoV testā ORF1a/b gēna Ct vērtība parādīja, ka zemas Ct vērtības (< 20 Ct) procentuālā daļa bija 50,3% un augstas Ct vērtības (36–40 Ct) bija 3,2%.Kā parādīts attēlā.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) составил 87,6%, еанизначе ORF1a/b анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20 Ct) составлял 50,3%, а высое6–40t kopējais svars 3,2%. 1. Abbott SARS-CoV-2 (apvienotais gēns RdRp un N) analīzes zemākās Ct vērtības (< 20 Ct) procentuālā daļa bija 87,6%, un Sansure Biotech 2019-nCoV ORF1a/b gēna analīzes rezultātā zemas Ct vērtības (< 20 Ct) procentuālā daļa bija 50,3%, bet augstas Ct vērtības (36–40 Ct) – 3,2%.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 20，，8，s.tech.s. 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50,3%，高Ct 值Ct(36)的百分比为3,2%. Kā parādīts 1. attēlā, Abbott SARS-CoV-2 testa (RdRp un N gēna kombinācija) zemākā Ct vērtības procentuālā daļa (< 20 Ct) ir 87,6%, Sansure Biotech 2019-nCoV testa ORF1a/b gēna Ct vērtība uzrāda zemu Ct vērtību (< 20 Ct) – 50,3%, ORF1a/b gēna Ct vērtību (36–40 Ct) – 3,2%. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое процентное низкое процентное процентное 20знаt размере 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019- Анализ nCoV показал низкий Ct. Kā parādīts 1. attēlā, Abbott SARS-CoV-2 testam (apvienojot RdRp un N gēnus) bija viszemākā Ct vērtība (< 20 Ct) – 87,6%, savukārt ORF1a/b gēna Ct vērtība Sansure Biotech 2019 pētījumā – nCoV analīze uzrādīja zemu Ct. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3%, а процент высоких значений Ct (36–40 Ct) составил 3,2%. Vērtību (< 20 Ct) procentuālā daļa bija 50,3%, bet augsto Ct vērtību (36–40 Ct) procentuālā daļa bija 3,2%.Abbott SARS-CoV-2 B testā tika reģistrētas Ct vērtības virs 30. No otras puses, BGI SARS-CoV-2 testā ORF1a/b gēnam bija augsta Ct vērtība (> 36 Ct), procentuālā daļa bija 4% (1. att.). No otras puses, BGI SARS-CoV-2 testā ORF1a/b gēnam bija augsta Ct vērtība (> 36 Ct), procentuālā daļa bija 4% (1. att.). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент которого составлял.41% (). No otras puses, BGI analīzē SARS-CoV-2 gēnam ORF1a/b bija augsta Ct vērtība (> 36 Ct), kuras procentuālā daļa bija 4% (1. att.).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比为在傆比为 No otras puses, BGI SARS-CoV-2 noteikšanā ORF1a/b gēna procentuālā daļa ar augstu Ct vērtību (>36 Ct) ir 4% (1. attēls). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b с высокими значениями Ct (>36 Ct) составил 4% (рис. No otras puses, BGI SARS-CoV-2 analīzē ORF1a/b gēnu ar augstām Ct vērtībām (>36 Ct) procentuālā daļa bija 4% (1. att.).
Šajā pētījumā mēs paņēmām 164 nazofaringālus paraugus. Visu veidu analīzēm RNS izolācija un amplifikācija tika veikta, izmantojot attiecīgo ražotāju ieteiktās metodes un komplektus.
Šajā pētījumā tika pierādīts, ka Abota SARS-CoV-2 testam ir tāda pati noteikšanas veiktspēja kā CRS, ar 100% pozitīvu, negatīvu un kopējo atbilstību. Koena kapa atbilstība ir 1,00, kas norāda uz pilnīgu atbilstību CRS. Līdzīgā pētījumā, ko veica Vašingtonas Universitāte ASV, tika atklāts, ka Abota SARS-CoV-2 testa kopējā jutība un specifiskums bija attiecīgi 93% un 100%, salīdzinot ar CDC laboratorijā noteikto testu (LDA).11. Abbott SARS-CoV-2 noteikšanas sistēma ir balstīta uz vienlaicīgu N un RdRp gēnu kombinētu noteikšanu, jo abi gēni ir jutīgāki, samazinot viltus negatīvus rezultātus12. Pētījums Vīnē, Austrijā, arī parādīja, ka lieli ekstrakcijas paraugu tilpumi un noteikšanas eluenta tilpumi samazināja atšķaidīšanas efektus un palielināja noteikšanas efektivitāti13. Tādējādi Abbott ideālo atbilstību SARS-CoV-2 testam var saistīt ar platformas noteikšanas sistēmu, kas vienlaikus nosaka kombinatoriskos gēnus, ekstrahē lielu skaitu paraugu (0,5 ml) un izmanto lielu daudzumu eluenta (40 µl).
Mūsu rezultāti arī parādīja, ka Daan ģenētiskā testa noteikšanas veiktspēja bija gandrīz tāda pati kā CRS. Tas atbilst pētījumam14, kas veikts Anhui universitātē Huainaņā, Ķīnā, un ražotāja apgalvojumam par 100% pozitīvu atbilstību. Neskatoties uz ziņojumiem par konsekventiem rezultātiem, viens paraugs pēc atkārtotas tā paša eluāta testēšanas bija viltus negatīvs, bet Abbott SARS-CoV-2 un Sansure Biotech nCoV-2019 testos bija pozitīvs. Tas liecina, ka dažādu veidu testos rezultāti var atšķirties. Tomēr Ķīnā veiktajā pētījumā15 Daan gēna testa rezultāts bija ievērojami atšķirīgs (p < 0,05) salīdzinājumā ar laboratorijā definēto references testu. Tomēr Ķīnā veiktajā pētījumā15 Daan gēna testa rezultāts bija ievērojami atšķirīgs (p < 0,05) salīdzinājumā ar laboratorijā definēto references testu. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p < 0,05) эталонного анализа. Tomēr pētījumā Ķīnā15 Daan Gene analīzes rezultāts būtiski atšķīrās (p < 0,05) no viņu laboratorijas references analīzes rezultātiem.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p < 0,05).然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0,05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значительно отличались (05p) его эталонным labboratornыm тестом. Tomēr pētījumā Ķīnā15 Daana ģenētiskā testa rezultāti bija ievērojami atšķirīgi (p < 0,05) salīdzinājumā ar tā references laboratorijas testu.Šī neatbilstība var būt saistīta ar SARS-CoV-2 noteikšanas references testa jutīgumu, un cēloņa noteikšanai var būt svarīgi veikt turpmākus pētījumus.
Turklāt mūsu pētījumā tika izvērtēta SARS-CoV-2 BGI testa salīdzinošā veiktspēja ar CRS, uzrādot izcilu pozitīvo procentuālo atbilstību (PPA = 97,9%), negatīvo procentuālo atbilstību (NPA = 100%) un kopējo procentuālo atbilstību pēc dzimuma (OPA). ). = 98,8%). Koena Kappa vērtības uzrādīja labu atbilstību (K = 0,975). Pētījumi Nīderlandē16 un Ķīnā15 ir uzrādījuši konsekventus rezultātus. SARS-CoV-2 BGI tests ir viena gēna (ORF1a/b) noteikšanas tests, izmantojot 10 µl amplifikācijas/noteikšanas eluāta. Neskatoties uz labu statistisko atbilstību mūsu atsauces rezultātiem, analīzē netika konstatēti divi pozitīvi paraugi (1,22%) no kopējā parauga. Tam var būt milzīga klīniska ietekme uz pārnešanas dinamiku gan pacientu, gan kopienas līmenī.
Vēl viena salīdzinošā analīze, kas iekļauta šajā pētījumā, bija Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO) tests; kopējais atbilstības procents bija 96,3%. Atbilstības stiprumu noteica arī Koena Kappa vērtība, kas bija 0,925, kas norāda uz pilnīgu atbilstību CRS. Arī šajā pētījumā mūsu rezultāti ir identiski pētījumiem, kas veikti Centrālās Dienvidu universitātē Čanšā, Ķīnā, un Liužou Tautas slimnīcas klīniskās laboratorijas nodaļā Liužou pilsētā, Ķīnā17. Lai gan tika reģistrēta iepriekšminētā labā statistiskā atbilstība, hi kvadrāta tests (Maknemāra tests) parādīja, ka Sansure Biotech testa rezultāts statistiski nozīmīgi atšķiras no CRS (p < 0,005). Lai gan tika reģistrēta iepriekšminētā labā statistiskā atbilstība, hi kvadrāta tests (Maknemāra tests) parādīja, ka Sansure Biotech testa rezultāts statistiski nozīmīgi atšķiras no CRS (p < 0,005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-крийтрийкрий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие по сравнению < с0,00p5. Lai gan tika reģistrēta iepriekš minētā labā statistiskā atbilstība, hi kvadrāta tests (McNemar tests) parādīja, ka Sansure Biotech testa rezultātam bija statistiski nozīmīga atšķirība salīdzinājumā ar CRS (p < 0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）表明，RS Sansure Biotech.相比具有统计学显着差异（p < 0,005）.尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表明 ， 表明 ， biotech （与 CRs 相比 具有 显着 （(p <0,005。。。。。。。。。。。。。。。。））。。。（（（（（ Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемаза) статистически значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech un CRS. Neskatoties uz iepriekš minēto labo statistisko atbilstību, hi kvadrāta tests (McNemar tests) uzrādīja statistiski nozīmīgu atšķirību (p < 0,005) starp Sansure Biotech testu un CRS.Seši paraugi (3,66%) tika atzīti par viltus negatīviem, salīdzinot ar CRS (1. papildtabula); tas ir ļoti svarīgi, jo īpaši ņemot vērā vīrusa pārnešanas dinamiku. Arī iepriekš minētie dati apstiprina šo zemo noteikšanas līmeni15.
Šajā pētījumā Ct vērtības tika noteiktas katram testam un attiecīgajai platformai, un zemākā vidējā Ct vērtība tika ziņota Abbott SARS-CoV-2 testā. Šis rezultāts var būt saistīts ar Abbott vienlaicīgo kombinēto ģenētiskās testēšanas sistēmu SARS-CoV-2 noteikšanai. Tādēļ, saskaņā ar 1. attēlu, 87,6% Abbott SARS-CoV-2 rezultātu Ct vērtības bija zem 20. Tikai neliels skaits paraugu rezultātu (12,4%) bija 20–30 diapazonā. Ct vērtības virs 30 netika reģistrētas. Papildus tam, ka Abbott izmanto SARS-CoV-2 paneļa ģenētiskās testēšanas formātu, šis rezultāts var būt saistīts ar apakšējo noteikšanas robežu (32,5 RNS kopijas/ml)18, kas ir trīs reizes zemāka nekā uzņēmuma apakšējā robeža – 100 RNS kopijas/ml (ml)19.
Šim pētījumam ir daži ierobežojumi: pirmkārt, mums nav standarta/references metožu [piemēram, vīrusu slodzes vai citu laboratorijas testu (LDA)] resursu trūkuma dēļ. Otrkārt, visi šajā pētījumā izmantotie paraugi bija nazofaringālie uztriepes, savukārt rezultāti nebija piemērojami citiem paraugu veidiem, un, treškārt, mūsu izlases lielums bija mazs.
Šajā pētījumā tika salīdzināta četru rRT-PCR SARS-CoV-2 testu veiktspēja, izmantojot nazofaringālus paraugus. Visiem noteikšanas testiem, izņemot Sansure Biotech testu, bija gandrīz salīdzināma veiktspēja. Turklāt Sansure Biotech testā tika konstatēts zems pozitivitātes līmenis, salīdzinot ar CRS (p < 0,05). Turklāt Sansure Biotech testā tika konstatēts zems pozitivitātes līmenis, salīdzinot ar CRS (p < 0,05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Turklāt Sansure Biotech tests uzrādīja zemu pozitīvo rezultātu procentuālo daļu, salīdzinot ar CRS (p < 0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (p < 0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (p < 0,05). Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Turklāt Sansure Biotech testam bija zemāks pozitivitātes līmenis salīdzinājumā ar CRS (p < 0,05).Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) PPA, NPA un kopējās atbilstības analīze pārsniedza 93,5%, un Koena Kappa atbilstības vērtība bija 0,925. Visbeidzot, Sansure Biotech Assay (RUO) ir jāturpina validēt lietošanai Etiopijā, un jāapsver papildu pētījumi, lai novērtētu atsevišķu ražotāju apgalvojumus.
Salīdzinošā pētījuma dizains tika veikts četrās veselības aprūpes iestādēs Adisabebā: Eka Kotebe slimnīcā, Millennium baznīcas ārstniecības centrā, Zewooditu memoriālajā slimnīcā un Svētā Pētera tuberkulozes speciālistu slimnīcā. Dati tika apkopoti laikā no 2020. gada 1. līdz 31. decembrim. Šī pētījuma medicīnas iestādes tika mērķtiecīgi izvēlētas, pamatojoties uz lielo saslimšanas gadījumu skaitu un lielāko ārstniecības centru pieejamību pilsētā. Līdzīgi instrumenti, tostarp ABI 7500 un Abbott m2000 reālā laika PCR instrumenti, tika izvēlēti saskaņā ar NAAT reaģentu ražotāju ieteikumiem, un šim pētījumam tika izvēlēti četri PCR noteikšanas komplekti, jo lielākā daļa laboratoriju Etiopijā izmantoja vismaz četrus no tiem. Pētījuma laikā tika veikts gēnu tests, Abbott SARS-CoV-2 tests, Sansure Biotech tests un SARS-CoV-2 BGI tests).
SARS-CoV-2 testēšana tika veikta no 2020. gada 1. līdz 30. decembrim, izmantojot 3 ml vīrusu transporta vides (VTM) (Miraclean Technology, Šenžena, Ķīna) no personām, kurām tika veikta COVID-19 izmeklēšana un kuras tika nosūtītas uz EPHI. Nazofaringālus paraugus savāca apmācīti paraugu vācēji un nosūtīja uz EPHI trīskāršās pakās. Pirms nukleīnskābju izolēšanas katram paraugam tiek piešķirts unikāls identifikācijas numurs. Ekstrakcija no katra parauga tiek veikta tūlīt pēc saņemšanas, izmantojot manuālas un automātiskās ekstrakcijas metodes. Tādējādi Abbott m2000 automātiskajai ekstrakcijai no katra parauga tika ekstrahēti 1,3 ml (ieskaitot 0,8 ml mirušā tilpuma un 0,5 ml ekstrakcijas ieplūdes tilpuma) parauga un izlaisti caur Abbott DNS paraugu sagatavošanas sistēmu (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, ASV). ) 96 paraugu partija [92 paraugi, divas noteikšanas kontroles un divas netemplātu kontroles (NTC)] tika iekļauta divu SARS-CoV-2 (EUA) ieguves kārtu kopējā procesā (iegūšanā un noteikšanā) reāllaikā. Līdzīgi manuālai ekstrakcijai izmantojiet tos pašus paraugus (automātiskai ekstrakcijai un noteikšanai). Tādējādi visā procesā 140 µl paraugi tika alikvoti un ekstrahēti, izmantojot QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hildene, Vācija) 24 paraugu partijās (ieskaitot 20 paraugus, divas testa kontroles un divas NTC) deviņu kārtu laikā. Manuāli ekstrahētie eluāti tika amplificēti un noteikti, izmantojot ABI 7500 termocikleru ar SARS-CoV-2 BGI testu, Daan Gene testu un Sansure Biotech testu.
SARS-CoV-2 vīrusa RNS automatizēta izolācija un attīrīšana notiek pēc magnētisko lodīšu principa, izmantojot Abbott DNS paraugu sagatavošanas reaģentus. Paraugu inaktivācija un vīrusu daļiņu šķīdināšana tiek veikta, izmantojot mazgāšanas līdzekli, kas satur guanidīna izotiocianātu, lai denaturētu proteīnu un inaktivētu RNāzi. Pēc tam RNS tiek atdalīta no proteīna, izmantojot cietfāžu atdalīšanu, izmantojot silīcija dioksīdu, t.i., guanidīnija sāls un līzes bufera sārmainais pH veicina nukleīnskābju saistīšanos ar silīcija dioksīdu (SiO2). Skalošanas posmā tiek noņemti atlikušie proteīni un gruži, lai iegūtu dzidru šķīdumu. Caurspīdīga RNS tiek izolēta no silīcija dioksīda bāzes mikrodaļiņām, izmantojot instrumenta magnētisko lauku20,21. Savukārt manuāla RNS izolācija un attīrīšana tiek veikta ar centrifūgas kolonnas metodi, izmantojot centrifugēšanu magnētiskā statīva vietā un mikrodaļiņu atdalīšanu no eluenta.
Abbott reāllaika SARS-CoV-2 noteikšanas tests (Abbott Molecular, Inc.) tika veikts saskaņā ar ražotāja norādījumiem, kas saņēma EUA19,22 no PVO un FDA. Šajā protokolā parauga inaktivācija pirms ekstrakcijas tika veikta ūdens vannā 56 °C temperatūrā 30 minūtes. Pēc vīrusa inaktivācijas nukleīnskābju ekstrakcija tika veikta ar Abbott m2000 SP instrumentu no 0,5 ml VTM, izmantojot Abbott m2000 DNS paraugu sagatavošanas sistēmu. Saskaņā ar ražotāja norādījumiem. Amplifikācija un noteikšana tika veikta, izmantojot Abbott m2000 RT-PCR instrumentu, un RdRp un N gēniem tika veikta divkārša noteikšana. Iekšējo kontroļu mērķēšanai un noteikšanai tika izmantota ROX) un VIC P (patentēta krāsviela), kas ļāva vienlaicīgi noteikt abus amplifikācijas produktus 19.
Šī komplekta amplifikācijas noteikšanas metode ir balstīta uz vienas pakāpes RT-PCR tehnoloģiju. Daan Gene Technology atlasīja ORF1a/b un N gēnus kā konservētos reģionus, lai noteiktu mērķa reģiona amplifikāciju. SARS-CoV-2 RNS noteikšanai paraugos ir izstrādāti specifiski primeri un fluorescējošas zondes (N gēna zondes, kas marķētas ar FAM, ORF1a/b zondes, kas marķētas ar VIC). Galīgais eluents un pamatmaisījumi tika sagatavoti, pievienojot 5 µl eluenta 20 µl pamatmaisījuma, lai iegūtu galīgo tilpumu 25 µl. Amplifikācija un noteikšana tika veiktas vienlaicīgi ar ABI 750024 reālā laika PCR instrumentu.
ORF1a/b un N gēni tika noteikti, izmantojot Sansure Biotech nCoV-2019 nukleīnskābju diagnostikas komplektu (fluorescences PCR noteikšana). Sagatavojiet specifiskas zondes katram mērķa gēnam, atlasot FAM kanālu ORF1a/b reģionam un ROX kanālu N gēnam. Šim testa komplektam eluents un galvenā maisījuma reaģenti tiek pievienoti šādi: sagatavojiet 30 µl galvenā maisījuma reaģenta un 20 µl eluēta parauga noteikšanai/amplifikācijai. Amplifikācijai/atklāšanai tika izmantota reālā laika PCR ABI 750025.
SARS-CoV-2 BGI tests ir fluorescenta reālā laika rRT-PCR komplekts COVID-19 diagnostikai. Mērķa reģions atrodas SARS-CoV-2 genoma ORF1a/b reģionā, kas ir viena gēna noteikšanas metode. Turklāt cilvēka saimniekgēns β-aktīns ir iekšēji regulēts mērķa gēns. Galvenais maisījums tiek sagatavots, sajaucot 20 µl galvenā maisījuma reaģenta un 10 µl ekstrahētā RNS parauga iedobes plāksnē26. Amplifikācijai un noteikšanai tika izmantota ABI 7500 fluorescenta kvantitatīva reālā laika PCR ierīce. Visa nukleīnskābju amplifikācija, PCR izpildes apstākļi katram testam un rezultātu interpretācija tika veikta saskaņā ar attiecīgā ražotāja norādījumiem (3. tabula).
Šajā salīdzinošajā analīzē mēs neizmantojām references standarta metodi, lai noteiktu atbilstības procentuālo daļu (pozitīvs, negatīvs un kopējais) un citus salīdzināšanas parametrus četrām analīzēm. Katrs testa salīdzinājums tika veikts ar CRS, šajā pētījumā CRS tika noteikts pēc noteikuma “jebkurš pozitīvs”, un rezultāts tika noteikts, nevis ar vienu testu, mēs izmantojām vismaz divus saskaņotus testa rezultātus. Turklāt COVID-19 pārnešanas gadījumā viltus negatīvi rezultāti ir bīstamāki nekā viltus pozitīvi rezultāti. Tāpēc, lai pēc iespējas precīzāk noteiktu CRS rezultātu kā “pozitīvs”, vismaz diviem testa testiem jābūt pozitīviem, kas nozīmē, ka vismaz viens pozitīvs rezultāts, visticamāk, būs iegūts no EUA testa. Tādējādi no četriem testa rezultātiem divi vai vairāki testa rezultāti, kas dod vienādu rezultātu, tiek uzskatīti par patiesi pozitīviem vai negatīviem18,27.
Dati tika apkopoti, izmantojot strukturētas datu ieguves formas, datu ievadīšana un analīze tika veikta, izmantojot Excel statistikas programmatūru un SPSS 23.0 versiju aprakstošajai statistikai. Tika analizēta pozitīvā, negatīvā un kopējā procentuālā atbilstība, un katras metodes atbilstības pakāpes noteikšanai ar CRS tika izmantots Kappa rādītājs. Kappa vērtības tiek interpretētas šādi: 0,01 līdz 0,20 - viegla atbilstība, 0,21 līdz 0,40 - vispārēja atbilstība, 0,41–0,60 - mērena atbilstība, 0,61–0,80 - liela atbilstība un 0,81–0,99 - pilnīga atbilstība28.
Ētiskā pielaide tika iegūta no Adisabebas Universitātes, un visus šī pētījuma eksperimentālos protokolus apstiprināja Etiopijas Sabiedrības veselības institūta Zinātniskās ētikas pārskata padome. EPHI ētikas licences atsauces numurs ir EPHI/IRB-279-2020. Visas metodes tika pielietotas saskaņā ar Etiopijas Nacionālo visaptverošo COVID-19 ārstēšanas vadlīniju ieteikumiem un noteikumiem. Turklāt pirms dalības pētījumā no visiem pētījuma dalībniekiem tika saņemta rakstiska informēta piekrišana.
Visi šajā pētījumā iegūtie vai analizētie dati ir iekļauti šajā publicētajā rakstā. Dati, kas pamato šī pētījuma rezultātus, ir pieejami no attiecīgā autora pēc saprātīga pieprasījuma.
Pasaules Veselības organizācija. Ieteikumi laboratorijas testēšanas stratēģijām COVID-19 gadījumā: pagaidu vadlīnijas, 2020. gada 21. marts, Nr. WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (PVO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. un Gourgoulianis, KI COVID-19 viedā diagnostika neatliekamās palīdzības nodaļā: viss praksē. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. un Gourgoulianis, KI COVID-19 viedā diagnostika neatliekamās palīdzības nodaļā: viss praksē.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. un Gurgulianis, KI. COVID-19 intelektuāla diagnostika neatliekamās palīdzības nodaļā: viss praksē.Muliou DS, Pantazopoulos I. un Gurgulyanis KI. COVID-19 intelektuāla diagnostika neatliekamās palīdzības nodaļās: pilnīga integrācija praksē. Expert Reverend Respire. medicine. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL un St George, K. COVID19 ID NOW EUA testa novērtējums. Mitchell, SL un St George, K. COVID19 ID NOW EUA testa novērtējums.Mitchell, SL un St. George, K. COVID19 ID NOW EUA testa novērtējums.Mičels SL un Sentdžordžs K. COVID-19 ID NOW EUA testa novērtējums. J. Clinical. Virus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
PVO. Koronavīrusa slimības 2019 (COVID-19) laboratoriskā noteikšana aizdomās par cilvēka slimību. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (apskatīts 2020. gada 15. augustā) (PVO, 2020).
Udugama, B. u.c. COVID-19 diagnostika: slimības un testēšanas rīki. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Sajeds S. u.c. Austrumu, Centrālās un Dienvidāfrikas Patologu koledžas izveide – Tuvo Austrumu un Dienvidāfrikas Reģionālā Patoloģijas skola. Āfrika. J. Lab. medicine. 9(1), 1.–8. lpp. (2020).
Etiopijas Sabiedrības veselības institūts, Federālā veselības ministrija. Pagaidu valsts stratēģija un vadlīnijas COVID-19 laboratoriskai diagnostikai. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (apskatīts 2020. gada 12. augustā) (EPHI, 2020).
Vološins, S., Patels, N. un Keselheims, AS. Viltus negatīvi SARS-CoV-2 infekcijas testi, problēmas un sekas. Vološins, S., Patels, N. un Keselheims, AS. Viltus negatīvi SARS-CoV-2 infekcijas testi, problēmas un sekas.Vološins S., Patels N. un Keselheims A. S. Viltus negatīvi SARS-CoV-2 infekciju testi un to sekas.Vološins S., Patels N. un Keselheims A. S. Viltus negatīvi testi SARS-CoV-2 infekcijas provokācijas un ietekmes noteikšanai. N. eng. J. Medicine. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS un Gourgoulianis, KI Viltus pozitīvi un viltus negatīvi COVID-19 gadījumi: elpceļu profilakses un pārvaldības stratēģijas, vakcinācija un turpmākās perspektīvas. Mouliou, DS un Gourgoulianis, KI Viltus pozitīvi un viltus negatīvi COVID-19 gadījumi: elpceļu profilakses un pārvaldības stratēģijas, vakcinācija un turpmākās perspektīvas. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположительные и ложноотрицательные случаи COVID-19: респираторная профилактечегистра,лятечика истра вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS un Gourgoulianis, KI. Viltus pozitīvi un viltus negatīvi COVID-19 gadījumi: elpceļu profilakses un ārstēšanas stratēģijas, vakcinācija un turpmākā rīcība.Muliu, DS un Gurgulianis, KI. Viltus pozitīvi un viltus negatīvi COVID-19 gadījumi: elpceļu profilakses un ārstēšanas stratēģijas, vakcinācija un turpmākā rīcība. Eksperts mācītājs Reverend Respire. medicine. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. un Konstantinos, G. COVID-19 diagnoze neatliekamās palīdzības nodaļā: redzēt koku, bet zaudēt mežu. Mouliou, DS, Ioannis, P. un Konstantinos, G. COVID-19 diagnoze neatliekamās palīdzības nodaļā: redzēt koku, bet zaudēt mežu.Mouliou, DS, Ioannis, P. un Konstantinos, G. COVID-19 diagnostika neatliekamās palīdzības nodaļā: redzi koku, pazaudē mežu.Muliou DS, Ioannis P. un Konstantinos G. COVID-19 diagnostika neatliekamās palīdzības nodaļās: kokiem nepietiek meža. Appear. medicine. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Abbott RealTime SARS-CoV-2 testa analītiskās un klīniskās veiktspējas validācija un validācija. J. Clinical. Virus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. un Aflatoonian, B. Piecu praimeru komplektu salīdzinājums no dažādiem COVID-19 genoma reģioniem vīrusa infekcijas noteikšanai ar parasto RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. un Aflatoonian, B. Piecu praimeru komplektu no dažādiem COVID-19 genoma reģioniem salīdzinājums vīrusa infekcijas noteikšanai ar parasto RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. un Aflatunyan, B. Piecu praimeru komplektu salīdzinājums no dažādiem COVID-19 genoma reģioniem vīrusu infekcijas noteikšanai ar parasto RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. un Aflatoonian, B. 5 dažādu COVID-19 ģenētisko reģionu salīdzinājums vīrusinfekcijas noteikšanai ar parasto RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. un Aflatunyan B. Piecu praimeru komplektu salīdzinājums no dažādiem COVID-19 genoma reģioniem vīrusu infekcijas noteikšanai ar parasto RT-PCR.Irāna. J. Microbiology. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Valsts ārējās kvalitātes novērtēšanas programmas SARS-CoV-2 genoma sekvenču noteikšanai provizoriskie rezultāti. J. Clinical. Virus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Piecu RT-PCR komplektu efektivitātes analītisks novērtējums smaga akūta respiratorā sindroma koronavīrusa 2 gadījumā. J. Clinical. laboratory. anus. 35(1), e23643 (2021).
Vans B. u.c. Septiņu Ķīnā komerciāli pieejamu SARS-CoV-2 RNS noteikšanas komplektu novērtējums, pamatojoties uz reāllaika polimerāzes ķēdes reakciju (PCR). klīniskā. ķīmiskā. laboratorija. medicīna. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB et al. Septiņu komerciālu RT-PCR COVID-19 diagnostikas komplektu salīdzinājums. J. Clinical. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu u.c. Divu SARS-CoV-2 nukleīnskābju noteikšanas PCR komplektu diagnostiskās veiktspējas salīdzinājums. J. Clinical. laboratory. anus. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR u.c. Salīdzinošā pētījumā, kurā tika izmantotas četras SARS-CoV-2 nukleīnskābju amplifikācijas testēšanas (NAAT) platformas, tika pierādīts, ka ID NOW veiktspēja ievērojami pasliktinājās atkarībā no pacienta un parauga veida. diagnoze. mikrobioloģija. Infect. diss. 99(1), 115200 (2021).
Abbott molekula. Abbott reāllaika SARS-CoV-2 analīzes iepakojuma ieliktnis. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1–12. (Sākot ar 2020. gada 10. augustu) (2020).
Klein, S. et al. SARS-CoV-2 RNS izolēšana, izmantojot magnētiskās lodītes ātrai liela mēroga noteikšanai ar RT-qPCR un RT-LAMP. Vīruss 12(8), 863 (2020).