Četru nukleīnskābju pastiprināšanas testu veiktspēja, lai identificētu SARS-COV-2 Etiopijā

Paldies, ka apmeklējāt Nature.com. Jūs izmantojat pārlūka versiju ar ierobežotu CSS atbalstu. Lai iegūtu labāko pieredzi, mēs iesakām izmantot atjauninātu pārlūku (vai arī atspējot saderības režīmu Internet Explorer). Turklāt, lai nodrošinātu pastāvīgu atbalstu, mēs parādām vietni bez stiliem un JavaScript.
Parāda trīs slaidu karuseli vienlaikus. Izmantojiet iepriekšējās un nākamās pogas, lai vienlaikus pārvietotos pa trim slaidiem, vai arī izmantojiet slīdņa pogas beigās, lai pārvietotos pa trim slaidiem vienlaikus.
Kopš 2019. gada koronavīrusa slimības (COVID-19) uzliesmojuma visā pasaulē ir izstrādāti daudzi komerciālo nukleīnskābju pastiprināšanas testi (NAAT) un ir kļuvuši par standarta testiem. Lai arī vairāki testi tika ātri izstrādāti un piemēroti laboratorijas diagnostikas testiem, šo testu veiktspēja nav novērtēta dažādos iestatījumos. Tāpēc šī pētījuma mērķis bija novērtēt Abbott SARS-COV-2, Daan Gene, BGI un Sansure biotehnoloģiju testu veiktspēju, izmantojot salikto atsauces standartu (CRS). Pētījums tika veikts Etiopijas Sabiedrības veselības institūtā (EPHI) no 2020. gada 1. līdz 30. decembrim. 164 nazofarneksa paraugi tika ekstrahēti, izmantojot QIAAMP RNS mini komplektu un Abbott DNS parauga sagatavošanas sistēmu. No 164 paraugiem 59,1% bija pozitīvi un 40,9% bija negatīvi attiecībā uz CR. Sansure biotech pozitivitāte bija ievērojami zema, salīdzinot ar CR (P <0,05). Sansure biotech pozitivitāte bija ievērojami zema, salīdzinot ar CR (P <0,05). Положительные резльтаты SANSURE BIOTECH ыли значительно ниже по сaup. Sansure Biotech pozitīvie rezultāti bija ievērojami zemāki salīdzinājumā ar CR (P <0,05).与 CRS 相比 ， SANSURE BIOTECH 的阳性率显着较低 （P <0,05）。与 CRS 相比 ， SANSURE BIOTECH 的阳性率显着较低 （P <0,05）。 Sansure biotech ыыло значительно менше положительных резлллезеži по са рз с CRS (p <0,05). Sansure biotehnoloģijai bija ievērojami mazāk pozitīvu rezultātu, salīdzinot ar CR (P <0,05).Četru analīžu vispārējā vienošanās bija 96,3–100%, salīdzinot ar CRS. Papildus Sansure biotehnoloģijas testa zemajam pozitivitātes līmenim četru testu veiktspēja bija gandrīz salīdzināma. Kā tāds, Sansure Biotech [tikai pētījumiem (RUO)] pārbaudei ir nepieciešama papildu validācija, lai to izmantotu Etiopijā. Visbeidzot, jāapsver papildu pētījumi, lai novērtētu testus ar atbilstošu ražotāja apgalvojumiem.
Laboratorijas pārbaude ir daļa no Pasaules Veselības organizācijas (PVO) stratēģiskā plāna Coronavīrusa slimības 2019 (COVID-19) sagatavotībai un reakcijai (SPRP). Kurš iesaka valstīm ir jāveido laboratorijas spējas uzlabot sagatavotību, pareizu gadījumu pārvaldību, modrību un ātru reakciju uz sabiedrības veselības problēmām. Tas liek domāt, ka laboratorijas loma ir galveno, lai raksturotu topošo infekcijas līdzekļu slimību un epidemioloģiju un kontrolētu to izplatību.
COVID-19 diagnozei nepieciešama epidemioloģiska un medicīniska informācija, personīgi simptomi/pazīmes, kā arī radiogrāfijas un laboratorijas dati2. Kopš COVID-19 uzliesmojuma tika ziņots Vuhanā, Ķīnā, visā pasaulē ir izstrādāti daudzi komerciālo nukleīnskābju pastiprināšanas testi (NAAT). Reālā laika reversās transkripcijas polimerāzes ķēdes reakcija (RRT-PCR) ir izmantota kā ikdienas un standarta metode smagas akūtas elpceļu 2. sindroma (SARS-COV-2) 3 infekcijas laboratoriskai diagnozei. SARS-COV-2 molekulārā noteikšana parasti ir balstīta uz N (nukleokapsīda olbaltumvielu gēnu), E (apvalka proteīna gēnu) un RDRP (no RNS atkarīgais RNS polimerāzes gēns) gēniem ORF1A/B (atvērts lasīšanas rāmis 1A/b) Apvidū gēna) reģions, kas identificēts no vīrusa genoma. Tie tiek uzskatīti par galvenajiem konservētajiem reģioniem, kas atrodami vīrusu genomos vīrusu atpazīšanai4. Starp šiem gēniem RDRP un E gēniem ir augsta analītiskā noteikšanas jutība, savukārt N gēnam ir zema analītiskā jutība5.
PCR testu veiktspēja var atšķirties atkarībā no dažādiem faktoriem, piemēram: ekstrakcijas reaģenti, pastiprināšanas/noteikšanas reaģenti, ekstrakcijas metode, PCR mašīnas kvalitāte un citi instrumenti. Sākot ar 2020. gada aprīli, vairāk nekā 48 dažādas diagnostikas ierīces no deviņām valstīm ir saņēmušas ārkārtas lietošanas atļauju (EUA) COVID-196 diagnostikai. Etiopijā SARS-COV-2 PCR noteikšanai 26 sabiedrības veselības iestādēs tiek izmantotas vairāk nekā 14 reāllaika PCR platformas, ieskaitot ABI 7500, Abbott M2000, Roche 48000 un Quant-studio7. Turklāt ir pieejami dažādi PCR testa komplekti, piemēram, Daan Gene Test, Abbott SARS-COV-2 tests, Sansure Biotech tests un SARS-COV-2 BGI tests. Lai arī RRT-PCR ir ļoti jutīgs, daži pacienti ar COVID-19 ziņo par nepatiesiem negatīviem rezultātiem, kas saistīti ar vīrusu ribonukleīnskābes (RNS) nepietiekamu kopiju dēļ paraugos nepareizas savākšanas, transporta, uzglabāšanas un apstrādes, kā arī laboratorijas testēšanas dēļ. Personāla nosacījumi un rīcība8. Turklāt parauga vai kontroles nepareizas darbības, cikla sliekšņa (CT) iestatīšana un krusteniskā reaktivitāte ar citām patogēnām nukleīnskābēm vai neaktīvām/atlikušām SARS-COV-2 RNS var izraisīt nepatiesus pozitīvus rezultātus RRT-PCR9 testos. Tādējādi ir skaidrs, ka PCR testi patiešām var identificēt gēnu fragmentu nesējus, jo tie pat nevar atšķirt patiesi aktīvos vīrusu gēnus, tāpēc testi var identificēt tikai nesējus, nevis pacientus10. Tāpēc ir svarīgi novērtēt diagnostisko veiktspēju, izmantojot standarta metodes mūsu iestatījumā. Lai arī Etiopijas Sabiedrības veselības institūtā (EPHI) un visā valstī ir pieejami daudzi NAAT reaģenti, vēl nav ziņots par to efektivitātes salīdzinošo novērtējumu. Tāpēc šī pētījuma mērķis bija novērtēt komerciāli pieejamo komplektu salīdzinošo veiktspēju SARS-COV-2 noteikšanai ar RRT-PCR, izmantojot klīniskos paraugus.
Šajā pētījumā tika iekļauti 164 dalībnieki ar aizdomām par COVID-19. Lielākā daļa paraugu bija no ārstēšanas centriem (118/164 = 72%), bet atlikušie 46 (28%) dalībnieki bija no ārstēšanas centriem. Starp dalībniekiem, kuri nav ārstēti centrā, 15 (9,1%) bija klīniski aizdomas par gadījumiem, un 31 (18,9%) bija kontakti par apstiprinātiem gadījumiem. Deviņdesmit trīs (56,7%) dalībnieki bija vīrieši, un dalībnieku vidējais (± SD) vecums bija 31,10 (± 11,82) gadi.
Šajā pētījumā tika noteikts pozitīvs un negatīvs četru testu līmenis COVID-19. Tādējādi Abbott SARS-COV-2 testa, Daan Gene 2019-NCOV testa, SARS-COV-2 BGI testa pozitīvie rādītāji un Sansure Biotech 2019-NCOV tests bija attiecīgi 59,1%, 58,5%, 57,9% un 55,5% Apvidū Pozitīvā un negatīvā kompozītmateriāla atsauces standarta (CRS) rādītāji bija attiecīgi 97 (59,1%) un 67 (40,9%) (1. tabula). Šajā pētījumā CRS definīcija balstījās uz “jebkuru pozitīvu” noteikumu, saskaņā ar kuru no četriem testa rezultātiem divi vai vairāki testa rezultāti, kas deva tādu pašu rezultātu, tika uzskatīti par patiesiem pozitīviem vai negatīviem.
Šajā pētījumā visām analīzēm mēs atklājām negatīvu līgumu (NPA) 100% (95% TI 94,6–100), salīdzinot ar CRS. Sansure biotehnoloģijas analīze parādīja minimālu PPA 93,8% (95% TI 87,2–97,1), un Daan Gene 2019-NCOV analīzei kopējā vienošanās bija 99,4% (95% TI 96,6–99,9). Turpretī vispārējā vienošanās starp SARS-COV-2 BGI testu un Sansure Biotech 2019-NCOV testu bija attiecīgi 98,8% un 96,3% (2. tabula).
Koena Kappa vienošanās koeficients starp CRS un Abbott SARS-COV-2 testa rezultātiem bija pilnībā konsekvents (K = 1,00). Līdzīgi Koena Kappa vērtības, kuras atklāja Daan Gene 2019-NCOV, SARS-COV-2 BGI un Sansure Biotech 2019-NCOV, arī pilnībā atbilst DR (K ≥ 0,925). Šajā salīdzinošajā analīzē Chi-kvadrāta tests (McNemar tests) parādīja, ka Sansure Biotech 2019-NCOV testa rezultāti ievērojami atšķīrās no CRS rezultātiem (P = 0,031) (2. tabula).
Kā parādīts attēlā.1 Abbott SARS-COV-2 testa zemākās CT vērtības (<20 ct) procentuālais daudzums (kombinēts RDRP un N gēns) bija 87,6% un ORF1A/B gēna CT vērtība Sansure Biotech 2019-NCOV pārbaude CT vērtība (<20 CT) bija 50,3%, bet augstā CT vērtība (36–40 CT) bija 3,2%. 1 Abbott SARS-COV-2 testa zemākās CT vērtības (<20 ct) procentuālais daudzums (kombinēts RDRP un N gēns) bija 87,6% un ORF1A/B gēna CT vērtība Sansure Biotech 2019-NCOV pārbaude CT vērtība (<20 CT) bija 50,3%, bet augstā CT vērtība (36–40 CT) bija 3,2%.Kā parādīts attēlā.1, проценsim наименшего значения ct (<20 ct) анaup Orf1a/b аализа Sansure Biotech 2019-ncov показало что проценsim низзого значения ct (<20 ct) сān состав pedgs 3,2%. 1, Abbott SARS-COV-2 (kombinētais gēns RDRP un N) zemākās CT vērtības (<20 CT) analīzes procentuālais daudzums bija 87,6%, un ORF1A/B gēna analīzes CT vērtība parādīja, ka 2019-NCOV gēna gēna analīze tika parādīta. Tas, ka zemās CT vērtības (<20 CT) procentuālais daudzums veidoja 50,3%, un augstas vērtības CT (36–40 CT) veidoja 3,2%.如图 1 所示 ， Abbott Sars-Cov-2 检测 （结合 Rdrp 和 n 基因） 的最低 Ct 值百分比 （<20 ct） 为 87,6%， Sansure Biotech 2019-ncov 检测的 orf1a/b 基因 ct 值显示低 ct值 (<20 ct) 的百分比为 50,3%， 高 ct 值 (36–40 ct) 的百分比为 3,2%。 Kā parādīts 1. attēlā, Abbott SARS-COV-2 testa (RDRP un N gēna kombinācija) zemākā CT vērtības procents (<20 ct) ir 87,6%, ORF1A/B gēna CT vērtība Sansure Biotech 2019-NCOV testa tests parāda zemu CT 值 (<20 ct) 的 procentuālā daļa ir 50,3%, 高 ct 值 (36–40 ct) 的 procentuālais daudzums ir 3,2%. Коказано на рисуне 1, анализ Abbott SARS-COV-2 (сочетающий гены rdrp и n) имел са нзз п 20 ct) с 20 ct) разере 87,6%, а значение ct гена orf1a/b и иследовании PANSURE BIOTECH 2019- анализ NCOV поeģaks Kā parādīts 1. attēlā, Abbott SARS-COV-2 testam (apvienojot RDRP un N gēnus) bija viszemākā CT vērtības procents (<20 ct) pie 87,6%, savukārt ORF1A/B gēna CT vērtība pārvarēšanā Biotech 2019 pētījums - NCOV analīze parādīja zemu CT. Процент значений (<20 ct) состави radušies 50,3%, процент высоких значений ct (36–40 ct) составиaksts 3,2%. Vērtību procentuālais daudzums (<20 CT) bija 50,3%, bet augsto CT vērtību (36–40 CT) procentuālais daudzums bija 3,2%.Abbott SARS-COV-2 B testā tika reģistrētas CT vērtības virs 30. No otras puses, BGI SARS-COV-2 testā ORF1A/B gēnam bija augsta CT vērtības (> 36 CT) procents bija 4% (1. att.). No otras puses, BGI SARS-COV-2 testā ORF1A/B gēnam bija augsta CT vērtības (> 36 CT) procents bija 4% (1. att.). С друой стороны, анализе bgi sars-cov-2 ген Orf1a/b имел высокое значение ct (> 36 ct), проценsim ко 1). No otras puses, BGI SARS-COV-2 gēna ORF1A/B analīzē bija augsta CT vērtība (> 36 CT), no kuras procentos bija 4% (1. att.).另一方面 ， 在 BGI SARS-COV-2 检测中 ， ORF1A/B 基因具有高 CT 值 （> 36 CT） 的百分比为 4%（图 1）。。。。 No otras puses, BGI SARS-COV-2 noteikšanā ORF1A/B gēna procentuālais daudzums ar augstu CT vērtību (> 36 CT) ir 4% (1. attēls). С друой стороны, анализе BGI SARS-COV-2 процент генов orf1a/B с высоким значеним и CT (> 36 ct) с`. No otras puses, BGI SARS-COV-2 analīzē ORF1A/B gēnu procentuālais daudzums ar augstām CT vērtībām (> 36 CT) bija 4% (1. att.).
Šajā pētījumā mēs paņēmām 164 nazofarneksa paraugus. Visu veidu testiem RNS izolācija un pastiprināšana tika veikta, izmantojot attiecīgo ražotāju ieteiktās metodes un komplektus.
Šis pētījums parādīja, ka Abbott testam SARS-COV-2 ir tāds pats noteikšanas rādītājs kā CRS ar 100% pozitīvu, negatīvu un vispārēju atbilstību. Koena Kappa līgums ir 1,00, kas norāda uz pilnu vienošanos ar CRS. Līdzīgs Vašingtonas Universitātes pētījums ASV atklāja, ka Abbott testa vispārējā jutība un specifiskums SARS-COV-2 bija attiecīgi 93% un 100%, salīdzinot ar CDC laboratorijas noteikto pārbaudi (LDA) Apvidū 11. Abbott SARS-COV-2 noteikšanas sistēmas pamatā ir vienlaicīga N un RDRP gēnu kombinētā noteikšana, jo abi gēni ir jutīgāki, samazinot viltus negatīvus12. Pētījums Vīnē, Austrijā, arī parādīja, ka lieli ekstrakcijas paraugu apjomi un noteikšanas eluentu tilpumi samazināja atšķaidīšanas efektus un palielināja noteikšanas efektivitāti13. Tādējādi Abbott perfektā sakritība SARS-COV-2 testam var būt saistīta ar platformas noteikšanas sistēmu, kas vienlaikus nosaka kombinatoriskos gēnus, iegūst lielu skaitu paraugu (0,5 ml) un izmanto lielu daudzumu eluentu (40 µL).
Mūsu rezultāti arī parādīja, ka Daan ģenētiskā testa atklāšanas rādītāji bija gandrīz tādi paši kā CR. Tas saskan ar pētījumu14, kas veikts Anhui universitātē Huainanā, Ķīnā, un ražotāja prasību par 100% pozitīvu vienošanos. Neskatoties uz ziņojumiem par konsekventiem rezultātiem, viens paraugs bija nepatiesi negatīvs pēc tā paša eluāta atkārtotas pārbaudes, bet bija pozitīvs Abbott SARS-COV-2 un Sansure Biotech NCOV-2019 testos. Tas liek domāt, ka dažādu veidu testu rezultāti var būt atšķirīgi. Neskatoties uz to, Ķīnā veiktajā pētījumā15, Daan gēna testa rezultāts bija ievērojami atšķirīgs (P <0,05), salīdzinot ar to laboratorijas definēto atsauces testu. Neskatoties uz to, Ķīnā veiktajā pētījumā15, Daan gēna testa rezultāts bija ievērojami atšķirīgs (P <0,05), salīdzinot ar to laboratorijas definēto atsauces testu. Т не менее, в исследовании, проведенн P var arī15, рроведеном в китае15, резлльтат анализа daan gēns зuls чител но от хт хт хт (p. лабораторного э drošā эталоного анализа. Tomēr Ķīnas pētījumā Daana Gēna analīzes rezultāts bija ievērojami atšķirīgs (P <0,05) no viņu laboratorijas atsauces analīzes.然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异 （P <0,05）。然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0,05 Онако Á исalp ar проведеном в китае15, резльтаustr генетического тес daan значител оо чч ((p. савнению с ео эталоны лабораторны тестом. Tomēr Ķīnā15 pētījumā Daan ģenētiskā testa rezultāti bija ievērojami atšķirīgi (P <0,05), salīdzinot ar tā atsauces laboratorijas testu.Šī neatbilstība var būt saistīta ar atsauces testa jutīgumu, lai noteiktu SARS-COV-2, un turpmāki pētījumi var būt svarīgi, lai noteiktu cēloni.
Turklāt mūsu pētījumā tika novērtēta SARS-COV-2 BGI testa salīdzinošā veiktspēja ar CRS, parādot izcilu pozitīvu procentuālo līgumu (PPA = 97,9%), negatīvu procentuālo līgumu (NPA = 100%) un kopējais procentuālais vienošanās pēc dzimuma (dzimums (dzimums Opa). ). = 98,8%). Koena Kappa vērtības parādīja labu vienošanos (K = 0,975). Pētījumi Nīderlandē16 un Ķīnā15 ir parādījuši konsekventus rezultātus. SARS-COV-2 BGI tests ir viena gēna (ORF1A/B) noteikšanas tests, izmantojot 10 µL pastiprināšanas/noteikšanas eluātu. Neskatoties uz labu statistisko vienošanos ar mūsu atsauces rezultātiem, analīze nokavēja divus pozitīvus paraugus (1,22%) no kopējā parauga. Tam var būt milzīga klīniska ietekme uz pārraides dinamiku gan pacienta, gan sabiedrības līmenī.
Vēl viena salīdzinošā analīze, kas iekļauta šajā pētījumā, bija Sansure Biotech NCOV-2019 RRT-PCR (RUO) tests; Kopējais spēles procents bija 96,3%. Vienošanās stiprumu noteica arī Koena Kappa vērtība, kas bija 0,925, norādot uz pilnu vienošanos ar CRS. Atkal mūsu rezultāti ir identiski pētījumiem, kas veikti Centrālajā Dienvidu universitātē Čangšā, Ķīnā, un Liuzhou People's Hospital klīniskās laboratorijas nodaļā Liuzhou City, Ķīna17. Kaut arī iepriekš minētā labā statistiskā saskaņotība tika reģistrēta, Chi-kvadrāta tests (Macnemar tests) parādīja, ka Sansure biotehnoloģijas testam ir bijusi statistiski nozīmīga atšķirība salīdzinājumā ar CR (P <0,005). Kaut arī iepriekš minētā labā statistiskā saskaņotība tika reģistrēta, Chi-kvadrāta tests (Macnemar tests) parādīja, ka Sansure biotehnoloģijas testam ir bijusi statistiski nozīmīga atšķirība salīdzinājumā ar CR (P <0,005). Несмотря на т, что ыыы зафиксирži чкзазаное выше хороше статисти P Pirkt хороше— стаustr, кеское со д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д д сд (критерий макнемара) показал, чч резльтат анalpot Sansure Biotech имет стистически значER с с Cr cr cr cr cr cr cr cr cr cr (p. 0,005). Lai arī tika reģistrēts labais statistiskais līgums, Chi-kvadrāta tests (McNemar tests) parādīja, ka Sansure biotehnoloģijas testa rezultātam bija statistiski nozīmīga atšķirība salīdzinājumā ar CR (P <0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性 ， 但卡方检验 （Macnemar 检验） 表明 ， Sansure Biotech 检测的结果与 CRS 相比具有统计学显着差异 （P <0,005）。尽管 了 上述 良好 统计 一致性 ， ， 但 检验 （（Macnemar 检验 表明 ， ， Sansure Biotech 检测 结果 与 CRS 相比 具有 显着 （（P <0,005 。。。。。。。。。。。。。。。。 。。。）））） Несмотря на отмеченое выше хороше ur статисти P P pa статистически значим разниц (p <0,005) межж анализом Sansure Biotech и Crs. Neskatoties uz labo statistisko līgumu, kas minēts iepriekš, Chi-kvadrāta tests (McNemar tests) parādīja statistiski nozīmīgu atšķirību (P <0,005) starp Sansure biotehnoloģiju testu un CRS.Tika konstatēts, ka seši paraugi (3,66%) ir nepatiesi negatīvi, salīdzinot ar CR (1. papildu tabula); Tas ir ļoti svarīgi, īpaši ņemot vērā vīrusa pārnešanas dinamiku. Iepriekš minētie dati atbalsta arī šo zemo noteikšanas līmeni15.
Šajā pētījumā CT vērtības tika noteiktas katram testam un attiecīgajai platformai ar zemāko vidējo CT vērtību, kas norādīta Abbott SARS-COV-2 testā. Šis rezultāts var būt saistīts ar Abbott vienlaicīgu kombinēto ģenētiskās pārbaudes sistēmu SARS-COV-2 noteikšanai. Tāpēc saskaņā ar 1. attēlu 87,6% no Abbott SARS-COV-2 rezultātiem CT vērtības bija zem 20. Tikai neliels paraugu rezultātu skaits (12,4%) bija 20-30 diapazonā. CT vērtības virs 30 netika reģistrētas. Papildus tam, ka Abbott izmanto SARS-COV-2 paneļa ģenētiskās testēšanas formātu, šis rezultāts var būt saistīts ar zemāku noteikšanas robežu (32,5 RNS kopijas/ml) 18, kas ir trīs reizes zemāks par uzņēmuma apakšējo robežu 100 RNS kopiju /ml. ml) 19.
Šim pētījumam ir daži ierobežojumi: pirmkārt, mums nav standarta/atsauces metožu [piemēram, vīrusu slodze vai citi laboratorijas testi (LDA)], jo trūkst resursu. Otrkārt, visi šajā pētījumā izmantotie paraugi bija nazofarneksa tamponi, savukārt rezultāti nebija piemērojami citiem paraugu veidiem, un treškārt, mūsu izlases lielums bija mazs.
Šajā pētījumā tika salīdzināta četru RRT-PCR testu veiktspēja SARS-COV-2, izmantojot nazofarneksa paraugus. Visiem noteikšanas testiem bija gandrīz salīdzināmi veiktspēja, izņemot Sansure biotehnoloģiju testu. Turklāt zems pozitivitātes līmenis tika identificēts Sansure biotehnoloģijā, salīdzinot ar CR (P <0,05). Turklāt zems pozitivitātes līmenis tika identificēts Sansure biotehnoloģijā, salīdzinot ar CR (P <0,05). Кроме того, т сесте Sansure Biotech ыы uļ ыВлен низз й рроцент положительных резллл2. (p. 0,05). Turklāt Sansure biotehnoloģijas tests parādīja zemu pozitīvo rezultātu procentuālo daudzumu salīdzinājumā ar CR (P <0,05).此外 ， 与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (P <0,05)。此外 ， 与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (P <0,05)。 Кроме того, анализ Sansure Biotech иел более P viens низзий уровень положительных рз л–pr. (P <0,05). Turklāt Sansure Biotech testā bija zemāks pozitivitātes līmenis salīdzinājumā ar CR (P <0,05).Sansure Biotech NCOV-2019 (RUO) PPA, NPA un kopējā vienošanās analīze pārsniedza 93,5% ar Cohen Kappa vienošanās vērtības stiprumu 0,925. Visbeidzot, Sansure Biotech testā (RUO) ir nepieciešama turpmāka apstiprināšana lietošanai Etiopijā, un jāņem vērā papildu pētījumi, lai novērtētu atsevišķu ražotāju prasības.
Salīdzinošais pētījumu plāns tika veikts četrās veselības iestādēs Adisabebā, Eka Kotebe slimnīcā, Millennium Church ārstēšanas centrā, Zewooditu memoriālajā slimnīcā un Sv. Pētera tuberkulozes speciālistu slimnīcā. Dati tika vākti no 2020. gada 1. līdz 31. decembrim. Medicīnas iestādes šim pētījumam tika mērķtiecīgi izvēlētas, pamatojoties uz to lielo gadījumu skaitu un galveno ārstēšanas centru pieejamību pilsētā. Similarly, instruments, including the ABI 7500 and Abbott m2000 real-time PCR instruments, were selected according to the recommendations of the NAAT reagent manufacturers, and four PCR detection kits were selected for this study, as most laboratories in Ethiopia used at least at least četri no tiem. Gēna tests, Abbott SARS-COV-2 tests, Sansure Biotech tests un SARS-COV-2 BGI tests, kas veikts pētījuma laikā).
Pārbaude SARS-COV-2 tika veikta no 2020. gada 1. līdz 30. decembrim, izmantojot 3 ml vīrusu transporta barotnes (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Ķīna) no personām, kas tiek izmeklētas par COVID-19, kas minēta Efi. Nasofarneksa paraugus savāc apmācīti paraugu kolekcionāri un nosūtīti uz Efi trīskāršās iepakojumos. Pirms nukleīnskābes izolācijas katram paraugam tiek piešķirts unikāls identifikācijas numurs. Ekstrakciju veic no katra parauga tūlīt pēc ierašanās, izmantojot manuālās un automātiskās ekstrakcijas metodes. Tādējādi no abbott M2000 automātiskās ekstrakcijas 1,3 ml (ieskaitot 0,8 ml miruša tilpuma un 0,5 ml ekstrakcijas ieplūdes tilpuma) tika iegūts no katra parauga un caur Abbott DNS parauga sagatavošanas sistēmu (Abbott Molecular Inc. Des Plaines, izvadīts caur Abbott DNS parauga sagatavošanas sistēmu, IL, ASV). ) 96 [92 paraugu, divu noteikšanas kontroles un divas kontroles (NTC)] partijas partija tika iekļauta SARS-COV-2 (EUA) divās kārtās (EUA) kopējā procesā (izguve un noteikšana) reālā laikā. Kalnrūpniecība. Tāpat manuālai ekstrakcijai izmantojiet tos pašus paraugus (automātiskai ekstrakcijai un atklāšanai). Tādējādi visa procesa laikā 140 µL paraugi tika alikvoti un ekstrahēti, izmantojot QIAAMP vīrusu RNS mini komplektu (Qiagen GmbH, Hilden, Vācija) 24 partijās (ieskaitot 20 paraugus, divas testa kontroles un divas NTC) deviņās kārtās. Manuāli ekstrahētie eluāti tika pastiprināti un atklāti, izmantojot ABI 7500 termisko cikleri, izmantojot SARS-COV-2 BGI testu, Daan gēna testu un Sansure Biotech testu.
Automatizēta SARS-COV-2 vīrusu RNS izolēšana un attīrīšana seko magnētiskās lodītes principam, izmantojot Abbott DNS parauga preparāta reaģentus. Paraugu inaktivācija un vīrusu daļiņu izšķīdināšana tiek veikta, izmantojot mazgāšanas līdzekli, kas satur guanidīna izotiocianātu, lai denizētu olbaltumvielu un inaktivētu RNāzes. Pēc tam RNS no olbaltumvielu atdala ar cietas fāzes atdalīšanu, izmantojot silīcija dioksīdu, ti, guanidīnija sāls un līzes bufera sārmainais pH veicina nukleīnskābju saistīšanos ar silīcija dioksīdu (SiO2). Skalstošais solis noņem atlikušos olbaltumvielas un gružus, lai iegūtu skaidru šķīdumu. Caurspīdīga RNS ir izolēta no silīcija dioksīda mikrodaļiņām, izmantojot instrumenta magnētisko lauku20,21. No otras puses, manuālu RNS izolāciju un attīrīšanu veic ar spin kolonnas metodi, izmantojot centrifugēšanu, nevis magnētisko statīvu un mikrodaļiņu atdalīšanu no eluenta.
Abbott reāllaika SARS-COV-2 noteikšanas tests (Abbott Molecular, Inc.) tika veikts saskaņā ar ražotāja norādījumiem, kas saņēma EUA19,22 no PVO un FDA. Šajā protokolā parauga inaktivācija pirms ekstrakcijas tika veikta ūdens vannā 56 ° C temperatūrā 30 minūtes. Pēc vīrusa inaktivācijas nukleīnskābes ekstrakcija tika veikta ar Abbott M2000 SP instrumentu no 0,5 ml VTM, izmantojot Abbott M2000 DNS parauga sagatavošanas sistēmu. Pēc ražotāja domām. Amplifikācija un noteikšana tika veikta, izmantojot Abbott M2000 RT-PCR instrumentu, un RDRP un N gēniem tika veikta dubultā noteikšana. Rox) un VIC P (patentēta krāsa) mērķauditorijas atlasei un iekšējo kontroles noteikšanai, ļaujot vienlaicīgi atklāt abus pastiprināšanas produktus 19.
Šī komplekta pastiprināšanas noteikšanas metode ir balstīta uz viena soļa RT-PCR tehnoloģiju. ORF1A/B un N gēnus Daan gēnu tehnoloģija tika izvēlēti kā konservēti reģioni, lai noteiktu mērķa reģiona pastiprināšanu. Īpašas gruntēšanas un fluorescējošās zondes (N gēnu zondes, kas marķētas ar FAM, ORF1A/B zondi, kas marķētas ar VIC), ir izstrādāti, lai paraugos noteiktu SARS-COV-2 RNS. Galīgie eluti un galvenie maisījumi tika sagatavoti, pievienojot 5 µl eluenta 20 µL galvenā maisījuma, galīgajam tilpumam 25 µL. Amplifikācija un noteikšana tika veikta vienlaicīgi uz ABI 750024 reālā laika PCR instrumentu.
ORF1A/B un N gēni tika atklāti, izmantojot Sansure Biotech NCOV-2019 nukleīnskābes diagnostikas komplektu (fluorescējoša PCR noteikšana). Sagatavojiet īpašas zondes katram mērķa gēnam, atlasot ORF1A/B reģiona FAM kanālu un N gēnu ROX kanālu. Šim testa komplektam eluentu un galveno maisījumu reaģentus pievieno šādi: Sagatavojiet 30 µL galvenā maisījuma reaģentu un 20 µL eluēto paraugu noteikšanai/pastiprināšanai. Pastiprināšanai/noteikšanai tika izmantots reālā laika PCR ABI 750025.
SARS-COV-2 BGI tests ir dienasgaismas reālā laika RRT-PCR komplekts COVID-19 diagnozei. Mērķa reģions atrodas SARS-COV-2 genoma ORF1A/B reģionā, kas ir viena gēna noteikšanas metode. Turklāt cilvēku mājturības gēns β-aktīns ir iekšēji regulēts mērķa gēns. Galveno maisījumu sagatavo, sajaucot 20 µL galvenā maisījuma reaģenta un 10 µL ekstrahētās RNS parauga urbuma plāksnītē26. Amplifikācijai un noteikšanai tika izmantots ABI 7500 fluorescējošais kvantitatīvais reālā laika PCR instruments. Visa nukleīnskābju pastiprināšanās, PCR darbības apstākļi katram testam un rezultātu interpretācija tika veikta saskaņā ar attiecīgā ražotāja instrukcijām (3. tabula).
Šajā salīdzinošajā analīzē mēs neizmantojām atsauces standarta metodi, lai noteiktu vienošanos (pozitīvu, negatīvu un kopumā) un citus salīdzināšanas parametrus četrām analīzēm. Katrs testa salīdzinājums tika veikts ar CRS, šajā pētījumā CRS tika noteikts ar noteikumu “jebkurš pozitīvs”, un rezultāts tika noteikts, nevis ar vienu testu, mēs izmantojām vismaz divus saskaņotus testa rezultātus. Turklāt COVID-19 pārraides gadījumā viltus negatīvi rezultāti ir bīstamāki nekā viltus pozitīvi rezultāti. Tāpēc, lai pēc iespējas precīzāk teiktu “pozitīvs” no CRS rezultāta, vismaz diviem testa testiem jābūt pozitīviem, kas nozīmē, ka vismaz viens pozitīvs rezultāts, iespējams, nāk no EUA testa. Tādējādi no četriem testa rezultātiem divi vai vairāki testa rezultāti, kas dod tādu pašu rezultātu, tiek uzskatīti par patiesu pozitīvu vai negatīvu18,27.
Dati tika savākti, izmantojot strukturētas datu ieguves formas, datu ievadīšana un analīze tika veikta, izmantojot Excel statistisko programmatūru un SPSS versiju 23.0 aprakstošajai statistikai. Tika analizēta pozitīva, negatīva un kopējā procentuālā vienošanās, un, lai noteiktu katras metodes vienošanās pakāpi ar CRS, tika izmantots Kappa rādītājs. Kappa vērtības tiek interpretētas šādi: no 0,01 līdz 0,20 viegla vienošanās par 0,21 līdz 0,40 par vispārēju vienošanos, 0,41-0,60 par mērenu vienošanos, 0,61-0,80 par galveno vienošanos un 0,81-0,99 par pilnīgu vienošanos28.
Ētiskā klīrenss tika iegūts no Adisabebas universitātes, un visus šī pētījuma eksperimentālos protokolus apstiprināja Etiopijas Sabiedrības veselības institūta zinātniskā ētikas pārskata padome. EPHI ētikas licences atsauces numurs ir EPHI/IRB-279-2020. Visas metodes tika izmantotas saskaņā ar Etiopijas nacionālās visaptverošo vadlīniju ieteikumiem un noteikumiem CoVID-19 ārstēšanai. Turklāt pirms dalības pētījumā no visiem pētījuma dalībniekiem tika iegūta rakstiska informēta piekrišana.
Visi dati, kas iegūti vai analizēti šajā pētījumā, ir iekļauti šajā publicētajā rakstā. Dati, kas atbalsta šī pētījuma rezultātus, ir pieejami attiecīgajā autorā pēc saprātīga pieprasījuma.
Pasaules Veselības organizācija. Ieteikumi laboratorijas pārbaudes stratēģijām COVID-19: Pagaidu norādījumiem, 2020. gada 21. martā Nr. PVO/2019-NCOV/Lab_Testing/2020.1 (PVO, 2020. gads).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki CoVid-19 viedā diagnoze neatliekamās palīdzības nodaļā: All-in praksē. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki CoVid-19 viedā diagnoze neatliekamās palīdzības nodaļā: All-in praksē.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. un Gurgulianis, Ki inteliģenta CoVid-19 diagnoze neatliekamās palīdzības nodaļā: viss praksē.Muliou DS, Pantazopoulos I. un Gurgulyanis Ki inteliģenta COVID-19 diagnoze ārkārtas nodaļās: integrācija no vienas puses uz otru praksē. Eksperts godbijīgs respire. medicīna. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. CoVid19 ID tagad EUA testa novērtējums. Mitchell, SL & St George, K. CoVid19 ID tagad EUA testa novērtējums.Mičels, SL un Sentdžordžs, K. COVID19 ID novērtējums tagad EUA testā.Mitchell SL un Sentdžordžs K. CoVid19 ID tagad EUA testa novērtējums. J. Klīniskais. Vīruss. 128, 104429. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
PVO. Koronavīrusu slimības 2019. gada (COVID-19) laboratorijas noteikšana aizdomās par cilvēku slimībām. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (pieejams 2020. gada 15. augustā) (PVO, 2020. gads).
Udugama, B. et al. COVID-19 diagnoze: slimības un testēšanas rīki. ACS Nano 14 (4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Austrumu, Centrālās un Dienvidāfrikas patologu koledžas - Tuvo Austrumu un Dienvidāfrikas patoloģijas reģionālās skolas izveidošana. Āfrika. J. Lab. medicīna. 9 (1), 1-8 (2020).
Etiopijas Sabiedrības veselības institūts, Federālā Veselības ministrija. Pagaidu nacionālā stratēģija un vadlīnijas COVID-19 laboratoriskai diagnozei. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/ephi_pheoc_covid-19_laboratory_diagnose_eng.pdf (pieejams 2020. gada 12. augustā) (Efi, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, kā viltus negatīvi testi SARS-COV-2 infekcijas izaicinājumiem un sekām. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, kā viltus negatīvi testi SARS-COV-2 infekcijas izaicinājumiem un sekām.Voloshin S., Patel N. un Kesselheim kā viltus negatīvi testi SARS-COV-2 infekcijām un to sekām.Voloshin S., Patel N. un Kesselheim kā viltus negatīvi testi provokācijas un SARS-COV-2 infekcijas ietekmei. N. Eng. J. Medicīna. 383 (6), E38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, Ki viltus pozitīvi un viltus negatīvi COVID-19 gadījumi: elpceļu profilakses un pārvaldības stratēģijas, vakcinācija un turpmākās perspektīvas. Mouliou, DS & Gourgoulianis, Ki viltus pozitīvi un viltus negatīvi COVID-19 gadījumi: elpceļu profilakses un pārvaldības stratēģijas, vakcinācija un turpmākās perspektīvas. MoULIOU, DS & GOURGOULIANIS, KI л жноположительные и ложнотрицательные слчаи COVID-19: респираustr ваsseцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, Ki viltus pozitīvi un viltus negatīvi COVID-19 gadījumi: elpceļu profilakses un ārstēšanas stratēģijas, vakcinācija un virzība uz priekšu.Muliu, DS un Gurgulianis, Ki viltus pozitīvi un kļūdaini negatīvi COVID-19 gadījumi: elpceļu profilakses un ārstēšanas stratēģijas, vakcinācija un ceļš uz priekšu. Eksperts godbijīgs respire. medicīna. 15 (8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. CoVid-19 diagnoze neatliekamās palīdzības nodaļā: redzot koku, bet zaudējot mežu. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. CoVid-19 diagnoze neatliekamās palīdzības nodaļā: redzot koku, bet zaudējot mežu.Mouliou, DS, Ioannis, P. un Konstantinos, G. CoVid-19 diagnoze neatliekamās palīdzības nodaļā: Skatīt koku, pazaudējiet mežu.Muliou DS, Ioannis P. un Konstantinos G. CoVid-19 diagnoze neatliekamās palīdzības telpās: nav pietiekami daudz meža kokiem. Parādīties. medicīna. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Abbott RealTime SARS-COV-2 testa analītiskā un klīniskā veiktspēja validācija un validācija. J. Klīniskais. Vīruss. 129, 104474. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Dneyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Salīdzinot piecus gruntēšanas komplektus no dažādu genoma reģiona COVID-19 vīrusa infekcijas noteikšanai ar parasto RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Dneyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Piecu gruntējumu komplektu salīdzinājums no dažādiem genoma reģioniem CoVID-19 vīrusa infekcijas noteikšanai ar parasto RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Dneyestanaki, D., Fazlalipour, M. un Aflatunyan, B. Piecu praimeru komplektu salīdzinājums no dažādiem kovid-19 genoma reģioniem vīrusu infekcijas noteikšanai ar parasto RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Dneyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自 Covid-19 不同基因组区域的五个引物组 ， 用于通过常规 RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Dneyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 5 dažādu COVID-19 ģenētisko reģionu salīdzinājums vīrusu infekcijas noteikšanai ar parasto RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Dneyestanaki D, Fazlalipour M. un Aflatunyan B. Piecu praimeru komplektu salīdzinājums no dažādiem kovid-19 genoma reģioniem vīrusu infekcijas noteikšanai ar parasto RT-PCR.Irāna. J. Mikrobioloģija. 12 (3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Nacionālās ārējās kvalitātes novērtēšanas programmas sākotnējie rezultāti SARS-COV-2 genoma secību noteikšanai. J. Klīniskais. Vīruss. 129, 104537. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Piecu RT-PCR komplektu efektivitātes analītiskais novērtējums smagam akūtam elpošanas sindroma koronavīrusam 2. J. Klīniskā. laboratorija. tūpļa. 35 (1), E23643 (2021).
Wang B. et al. Septiņu komerciāli pieejamu SARS-COV-2 RNS noteikšanas komplektu novērtēšana Ķīnā, pamatojoties uz reālā laika polimerāzes ķēdes reakciju (PCR). klīniskais. Ķīmiska viela. laboratorija. medicīna. 58 (9), E149 - E153 (2020).
Van Casteren, PB et al. Septiņu komerciālo RT-PCR COVID-19 diagnostikas komplektu salīdzinājums. J. Klīniskais. Vīruss. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. Divu PCR komplektu diagnostiskās veiktspējas salīdzinājums SARS-COV-2 nukleīnskābju noteikšanai. J. Klīniskais. laboratorija. tūpļa. 34 (10), E23554 (2020).
Lefart, PR utt. Salīdzinošs pētījums par četrām SARS-COV-2 nukleīnskābes pastiprināšanas testēšanas (NAAT) platformām parādīja, ka ID tagad veiktspēja ir ievērojami noārdīta atkarībā no pacienta un parauga veida. Diagnoze. Mikrobioloģija. Inficēt. dis. 99 (1), 115200 (2021).
Abbott molekula. Abbott reāllaika SARS-COV-2 analīzes paketes ieliktnis. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infecious-disease/realtime-sars-cov-2-assay. 1-12. (No 2020. gada 10. augusta) (2020. gads).
Kleins, S. et al. SARS-COV-2 RNS izolācija, izmantojot magnētiskās lodītes ātrai liela mēroga noteikšanai ar RT-QPCR un RT-lamp. Vīruss 12 (8), 863 (2020).